Archive for the ‘Proteína’ Category

Reverse transcriptase (RT), uma enzima para replicacao de retroviruses, esta entre as mais abundantes proteinas neste planeta, e merece uma pesquisa

quinta-feira, maio 17th, 2018

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RT and Rnase H of Retroviruses and Retrovirus-Like Elements

https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2017.01745/full

The discovery of the reverse transcriptase (RT), initially described as replication enzyme of retroviruses in 1970 (Baltimore, 1970; Temin and Mizutani, 1970), was so unexpected that it was awarded a Nobel prize in 1975. Shortly after the RT, the retroviral ribonuclease H (RNase H) was identified in retrovirus particles as essential component for the replication of viral RNA via an RNA-DNA hybrid intermediate to double stranded DNA (dsDNA) (Mölling et al., 1971; Hansen et al., 1988; Tisdale et al., 1991). Historically, the RNase H has often been considered as part of the RT in retroviruses. However, the enzyme has its proper role, impact on evolution and importance for the degradation of nucleic acids in various biological processes. Similarly, the RT is of much more general importance than just replicating retroviral genomes. One prominent example is the telomerase, the RT or TERT, that elongates chromosomal ends in embryonic tissue and stem cells. Here, RNase H activity is not involved, since the template RNA needs to be copied repeatedly. Both the RT and the RNase H are among the most abundant proteins on our planet (Ma et al., 2008; Caetano-Anollés et al., 2009; Majorek et al., 2014).

“… Contrary to Francis Crick’s ‘central dogma’ from 1958 the RT, in concert with the RNase H, allows for the flow of information to occur from RNA to DNA. This was regarded as the reverse orientation, a historical view rooted in the discovery that DNA was the carrier of genetic information (Figure 1A).”

Ok, denominaram a proteina de “reverse transcricao” porque ao inves do fluxo de informacao ir do DNA para o RNA para este fazer as proteinas, o fluxo vai ao reverse, partindo do RNA para o DNA… mas como sao informacoes sobre virus, e as vezes o DNA incorpora estas informacoes, elas podem entrar na evolucao. Varias doencas, como a hepatite, podem ser causadas por esta invasao de informacoes de virus no DNA. E’ como o arabe jovem descuidado que deixa e aceita entrar informacoes falsas de falsas religioes e por fim acabam se tornando um homem-bomba se suicidando. Assim faz o DNA… 

(Continuar lendo e pesquisando)

Video sobre sintese de proteinas

terça-feira, janeiro 16th, 2018

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Video incrível em 3D que mostra todas estruturas e o processo no qual é realizado a síntese de uma proteína.

https://www.facebook.com/Soubiomais/videos/752823688258826/

Proteinas Artificiais, Projetos Rosetta e Foldit para montar proteinas

sexta-feira, dezembro 29th, 2017

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The New York Times

Scientists Are Designing Artisanal Proteins for Your Body

https://www.nytimes.com/2017/12/26/science/protein-design-david-baker.html

In Dr. Baker’s office are models of complex proteins. The human body makes roughly 20,000, each suited to a different task. Evan McGlinn for The New York Times

 

Folding ( tricotando) fios de proteinas:

Matrix/DNA: “Proteinas sao as ferramentas materiais organizadas biologicamente que executam a funcao do circuito sistemico total do sistema universal natural. No seu estado de sistemas astronomicos, este circuito era apenas um fluxo espiralado, um fio por onde passam toda enrgia/informacao do sistema. Com a diversidade propiciada pelo ambiente terrestre o unico fio e’ multiplicado e pode ser tricotado, emaranhado de diferentes maneiras, como a artesa tricota o fio do novelo e cria diferentes “pontos” ou desenhos. E assim como a artesa produz o tecido que sera modelado num tipo de roupa,  a natureza terrestre tricotou o fio que veio do ceu em diferentes tipos de tecidos que constituem os organismos.”

 

” Our bodies make roughly 20,000 different kinds of proteins, from the collagen in our skin to the hemoglobin in our blood. Some take the shape of molecular sheets. Others are sculpted into fibers, boxes, tunnels, even scissors.”

Matrix/DNA: Tesouras? Formas de caixas? Mas na formula o lugar correspondente a proteinas sao setas, representando apenas o avanco do corp[o no tempo, entao todas as proteinas deveriam ter uma so forma… Nao. Acontece que as proteinas nao representam apenas os espacos das setas e sim os espacos dentro das partes. Assim como cada nova parte muda a funcao das informacoes no circuito, tem que mudar a forma para executar estas funcoes. Podemos ver que todas estas formas citadas acima sao visiveis no circuito. Por exemplo, a forma de tesoura se refere a quando o circuito se bifurca.

A protein’s particular shape enables it to do a particular job, whether ferrying oxygen through the body or helping to digest food.

Matrix/DNA: O que eu disse acima: a funcao especifica da proteina modela sua forma. Apenas o autor nao sabe da formula e colocou as palavras na sequencia oposta.

Selecting from twenty or so different types, the cell builds a chain of amino acids. That chain may stretch dozens, hundreds or even thousands of units long. Once the cell finishes, the chain folds on itself, typically in just a few hundredths of a second. Proteins fold because each amino acid has an electric charge. Parts of the protein chain are attracted to one another while other parts are repelled. Some bonds between the amino acids will yield easily under these forces; rigid bonds will resist.

Matrix/DNA: ” Como sempre, a ciencia comeca abordando um fenomeno e descreve como ele atua, nao o porque ele atua como atua. Cargas eletricas dos aminoacidos os fazem ser atraidos a alguns outros e repelir outros. Isto significa que os 20 aminoaacidos possuem 20 diferentes tipos de carga eletrica? O que determina qual sera o tipo de uma carga eletrica?

A formula da Matrix/DNA explica isso claramente. Se alinharmos todos os 20 aminacidos obedecendo a sequencia do ciclo vital, cada aminoacido vai ter um Vizinho apenas a esquerda e outro a direita. Assim como a forma humana de adolescente tem como vizinha a esquerda a forma de crianca, e a direita, a forma de adulto. Se remontar-mos o ciclo vital da pessoa, automaticamente a forma adolescente apenas vai atrair a forma crianca e a sua esquerda. Isto significa inclusive que cada aminoacido tem carga eletrica bipolar, ou seja, uma girando no sentido horario e a outra no anti. E isto e’ mais uma previsao da Matrix, que se for comprovada, dara mais credito `a teoria.

Mas ainda temos um problema aqui. Serao mesmo “cargas eletricas”? Estamos tratando de energia, como em eletricidade, racionadas a eletrons? A Matrix esta sugerindo que a nivel de inst4rucoes dos genes e DNA atuam biofotons, os quais vieram da evolucao cosmologica, e que formam redes, networks. A cienci ainda nao tem instrumentos capazes de detector estas networks muito sutis, na forma de sinapses. Outra previsao da Matrix. Agora,… aminoacidos ja sao estruturas mais materializadas, mais pesadas, e pode ser  que neste nivel a luz inicial tenha se projetado na forma de energia. Tambem pode ser que dentro dos eletricos estejam os fotons, dirigindo-os.

The combination of all these atomic forces makes each protein a staggering molecular puzzle. When Dr. Baker attended graduate school at the University of California, Berkeley, no one knew how to look at a chain of amino acids and predict the shape into which it would fold. Protein scientists referred to the enigma simply as “the folding problem.”

Matrix/DNA: Com razao, sem o conhecimento da nossa formula nao se entende o que esta acontecendo.

New proteins do not just pop into existence; they all evolve from ancestral proteins. Whenever scientists figured out the shape of a particular protein, they were able to make informed guesses about the shapes of related ones.

Matrix/DNA: Como surgem novas proteinas? Por evolucao? A  formula veio para a Terra no seu estado mais perfeito possivel. Isto significa que as proteinas iniciais deveriam ser as mais evoluidas. Porem na Terra houve uma drastica muitacao, porque o ambiente na superficie da Terra e’ muito diferente do ambiente sideral onde o ancestral celeste foi formado. Agora, com a introducao da agua, do estado liquido, e da quimica organica, os movimentos internos do sistema nao seriam mais apenas mecanicos, e sim, tambem biologicos. O fluxo de informacoes no circuito ancestral teve que fazer as proteinas acompanharem esta mutacao. Porem os sistemas biologicos nao poderiam inventor do nada novas informacoes que nao existissem, ao menos em estado apenas potencial, no ancestral. Entao as novas proteinas que vao surgindo se devem a fuzzy logics, quando o fio do circuito e’ esticado mais fazendo a necessecidade de produzir mais trechos intermediarios, ou seja, novas proteinas com velhas informacoes.

Novas proteinas com velhas informacoes. E isto vai diretamente implicar com o objetivo dos cientistas, que querem criar novas proteinas nao existentes na natureza. Qual sera o resultado disso? Primeiro, acho que estas proteinas artificiais nao podem ser ingeridas pelos organismos, pois isto desorganizaria seus sistemas naturais. Mas, vou pensar nas consequencias depois.

Scientists also relied on the fact that many proteins are made of similar parts. One common feature is a spiral stretch of amino acids called an alpha helix. Researchers learned how to recognize the series of amino acids that fold into these spirals.

Matrix/DNA: Deve ser uma das mais importantes proteinas, porque a forma espiral no sistema ocorre em duas ocasioes ao menos: 1) A funcao 1; 2) A forma do sistema ancestral total. Dois detalhes muito importantes na formula.

In the late 1990s, the team at the University of Washington turned to software for individual studies of complex proteins. The lab decided to create a common language for all this code, so that researchers could access the collective knowledge about proteins. In 1998, they launched a platform called Rosetta, which scientists use to build virtual chains of amino acids and then compute the most likely form they will fold into.

Matrix/DNA: Software? O software natural que elucida os estudos de proteinas ja existe, e’ a formula em forma de diagrama. A dinamica sequencial de tal software tem que ser a mesma do ciclo vital. Nao sabem disso entao criaram um outro software chamado Rosetta. Preciso ve-lo. Pesquisa: Rosetta@home is a distributed computing project for protein structure prediction on the Berkeley Open Infrastructure for Network Computing (BOINC) platform, run by the Baker laboratory at the University of Washington.

In 2005, Dr. Baker launched a program called Rosetta@home, which recruited volunteers to donate processing time on their home computers and, eventually, Android phones. Over the past 12 years, 1,266,542 people have joined the Rosetta@home community.

Matrix/DNA: Tenho salvado neste computador o jogo/software para esta colaboracao de montage de proteinas. Chama-se FOLDIT e obtido atraves do site Rosetta

“There are subtleties going on in naturally occurring proteins that we still don’t understand,” Dr. Baker said. “But we’ve mostly solved the folding problem.”

Matrix/DNA: E sem o conhecimento das causas nas origens das proteinas, sem o conhecimento da formula para sistemas, nunca vao elucidar por complete o fenomeno. O principal ponto a elucidar agora e…

Vamos imaginar um circuito esferico de um sistema qualquer. Agora vamos quebrar este circuito em 20.000 pedacos. e vamos espalha-los aleatoriamente. Em seguida vamos tentar reconstruir o circuito conectando os pedacos. Dentre os 20.000 pedacos como vamos saber qual vai em qual posicao do circuito? Parece quase impossivel, a nao ser com massivo poder de computacao. O nosso problema e’ ainda maior porque a Ciencia nao esta procurando reconstruir circuitos, mas sim conhecer cada proteina, qual sua funcao, forma, qual o gene que a produz, como e’ sua constituicao, etc.Se houver uma maneira de identificar as 20.000 e isolar cada uma, depois conecta-los num so circuito functional, saberiamos qual a funcao de cada proteina, no circuito. Esta funcao sera a mesma que ela executa no sistema-organismo. Bem,… daqui para a frente eu so posso desenvolver isso se converser com um tecnico em seu laboratorio.

These advances gave Dr. Baker’s team the confidence to take on an even bigger challenge: They began to design proteins from scratch for particular jobs. The researchers would start with a task they wanted a protein to do, and then figure out the string of amino acids that would fold the right way to get the job done.

Matrix/DNA: Ooops… Estava esquecendo algo. Separando um circuito sistemico em 20.000 pedacos obtemos as proteinas. Porem,… e os aminoacidos? O que sao aminoacidos, em relacao `a formula? GRANDE! NUNCA ME FIZ ESTA PERGUNTA!

Aminoacidos sao a segunda manifestacao da materia da vida, sendo a primeira, o atomo de carbono, porque ele e’ a copia atomica mais fiel da formula. O carbono tera o poder de atrair e ser atraido para os fotons-genes que estejam nos eletrons de outros atomos leves. Assim o carbono se fixa no centro e em volta vao agregando outros atomos. Em cada uma das seis pontas do carbono devera se afixar um diferente atomo contendo um dos seis fotons-funcoes do circuito. Assim, a formula central, comeca a e projetar como uma nova onda, uma nova e maior formula, que lhe e’ agregada. Enquanto nao se completa a segunda camada da formula, vao sendo feitos pedacos, com um ou ate cinco fotons. Estes serao os aminoacidos.

Entao, para entender o sentido da existencia dos aminoacidos devemos pensar no seguinte quadro:

O circuito total e’ fatiado em 20.000 pedacos, que biologicamente sao as proteinas. As proteinas sao compostas de aminoacidos, algumas com 10, outras com 1000 aminoacidos. Entao aminoacidos sao trechos do circuito fragmentados em porcoes ainda menores.

” Essentially, he said, “we’re designing molecules that can do simple logic calculations.” Indeed, he hopes eventually to make molecular machines. Our cells generate fuel with one such engine, a gigantic protein called ATP synthase, which acts like a kind of molecular waterwheel. As positively charged protons ‎pour ‎through a ring of amino acids, it spins a hundred times a second. ATP synthase harnesses that energy to build a fuel molecule called ATP.

Matrix/DNA: Ele se refere ao motor molecular que reacionei sua origem ao motor astronomico. Ele chama o motor de ” waterwheel”, ou roda d’agua. Explica que o motor funciona quando protons carregados com carga positiva passam atraves do motor que e’ feito de uma cadeia de aminoacidos e produzem uma rotacao veloz de centenas vezes por segundo. Isto gera a energia que e’ inserida numa molecula, a ATP.

 

 

A Natureza tricotando proteinas, que representam o dinheiro no sistema social

sexta-feira, dezembro 29th, 2017

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Texto postado no Facebook:

Em que estou pensando? Eu ja nasci bobo, sou bobo sempre, mas quando penso no que minha cabeca esta aprontando, fico mais bobo ainda. Como exemplo cito esta frase que minha cabeca acabou de produzir no ultimo artigo que estou escrevendo no meu website. Nunca ninguem disse tal coisa e ninguem na Terra vai entender bulhufas disso, mas, se isto for verdade, sera’ importante demais para entender o mundo e a existencia dos nossos corpos nele, porem, nao da’ para calcular em que alturas minha cabeca voa viajando:

Matrix/DNA: “Proteinas sao as ferramentas materiais de funcoes sistemicas universais organizadas biologicamente que executam a funcao do circuito sistemico total do sistema universal. No seu estado de sistemas astronomicos, este circuito e’ apenas um fluxo espiralado, um fio por onde passam toda energia/informacao do sistema. Com a diversidade propiciada pelo ambiente terrestre o unico fio foi multiplicado e pode ser tricotado, emaranhado de diferentes maneiras, como a artesa tricota o fio do novelo e cria diferentes “pontos” ou desenhos. E assim como a artesa produz o tecido que sera modelado num tipo de roupa, a natureza terrestre tricotou o fio que veio do ceu em diferentes tipos de tecidos que produzem os diferentes tipos de organismos.”

Que Deus seja louvado por tamanha sabedoria…

ou que o Acaso Absoluto seja excomungado por tamanha estropolia…

ou que eu ganhe na loteria por tamanha heresia…

`a crenca pseudo-cientifica da academia…

Se um academico ou cientista ler isso, vai logo se perguntar: ” Mas o que esse cara esta dizendo? Proteinas sao ferramentas materiais? Circuito sistemico? Sistema universal natural?! O que tem a ver proteinas com sistemas astronomicos? Fluxo espiralado? Proteinas? O que esse cara entende por proteina? Fio por onde passa energia/informacao? Tecido organico? Tricotando? Estara este cara tiricotando de febre? O que ele fumou? O fio veio do ceu? Ah… deve ser mais um desses alucinados filosofos da New Age, tudo bobagem…”

Pois e’. Fico imaginando a dificuldade que tiveram o Darwin para escrever os detalhes de um fenomeno que nunca ninguem pensou ou teve palavras para explicar antes, o Mendel para explicar a genetica que ele acabou de descobrir, ou Copernico para explicar um mundo em que a Terra saia do centro…

Para Galileo sair gritando de madrugada rua afora e segurando a ciroula que ele viu uma nova estrela no ceu e portanto o ceu nao e’ imutavel como a Biblia disse, foi facil. O dificil foi e esta sendo para os astronomos a cada dia criarem novas palavras, nomes, para as coisas novas que vao vendo e explicarem esse ceu mutavel pululando de eventos.

Esta esta’ sendo minha grande dificuldade agora, inventar palavras, expressoes, nomes, para tentar comunicar imagens, ideias, que existem apenas dentro da minha cabeca, que surgem das calculacoes dos meus modelos teoricos…

Porem, aqueles revolucionarios tiveram muita sorte porque o que eles imaginaram foi provado como de fato existente. Teve muita gente imaginando mais coisas que nao tiveram esta sorte, pois o que imaginaram nao foi provado existir. Daniken morreu frustrado sem provar que os e.ts. estiveram na Terra depois de passar a vida buscando evidencias e expondo-as num livro colossal. Sera que terei sorte ou serei da turma dos azarados? Seja como for, as criacoes intelectuais da nossa cabeca sao como filhos espirituais gerados, dos quais nao conseguimos nos afastar e cuidar e alimentar… Raios, eu tenho que arrumar recursos e uma maneira laboratorial pratica de comprovar a existencia dos biofotons e suas networks repetindo dentro de nossos corpos a formula universal da Matrix/DNA, para nao morrer mais bobo do que nasci… Senao vou ser o bobo da corte no ceu ou vou baguncar a vida do capeta no inferno…

O capeta vai dizer:

– ” Pelo amor de Deus, tirem esse cara daqui…” – ki ki ki…

E eu vou responder:

– ” Seo Capeta. Preciso voltar urgente a Terra. Acontece que as proteinas perfazem uma funcao da formula do sistema universal no sistema celular e depois no sistema-corpo humano. Quando os humanos criaram os sistemas sociais, (sem o saberem porque isso esta no instinto), o fizeram como uma copia da formula do sistema universal. Entao quando ainda estava na Terra eu me perguntava qual seria o elemento material no sistema social que estaria fazendo a funcao de proteinas. E agora me deu mais um chimelique no cocuruto – daqueles que abortam novas descobertas – e descobri: e’ o dinheiro! Money, seo Capeta, money! As proteinas providenciam tudo no corpo mas quando sao mal feitas produzem muitas doencas tambem, igual ao que faz o dinheiro no sistema social. Tenho que ir la’ por isso no meu livro…”

E o capeta:

– ” Oba! Tenho uns cientistas la’ comecando a produzirem proteinas artificiais. Voce quer dizer que quando introduzirem essas proteinas artificiais nos corpos dos humanos elas vao baguncar o sistema todo como faz o dinheiro falso? Ha-ha… meus homens la’ vao aprontar mais uma das minhas diabices…”

 

Origens da Vida: Teoria do RNA World

domingo, novembro 12th, 2017

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Paper: Origin of Life: Transitioning to DNA genomes in an RNA world

https://elifesciences.org/articles/32330

Abstract

The unexpected ability of an RNA polymerase ribozyme to copy RNA into DNA has ramifications for understanding how DNA genomes evolved

Matrix/DNA: ‘Ok. De repente descobriram que o RNA tem uma polymerase ribozyme que copia o RNA e como resultado aparece o DNA ! Por isso surgiu a nova teoria do RNA-world. E com isso eles creem que vao obter o entendimento de como o genoma do DNA evoluiu. Nos percebemos a 30 anos atras quando elaboramos o modelo teorico da formula, que esta pode ser dividida em duas metades, uma face esquerda e outra direita. Observando-se a formula, percebe-se que a funcao 5 que ‘e intermitente, quando emerge e atua, ja’ divide a formula nas duas faces. Se o fluxo de informacoes que vem desde F1 no sentido horario, pela face esquerda, ultrapassar F4, ele constroi F6 e continua agora em queda entropica ate completar o circuito esferico. Isto significa que a formula determina que toda estrutura material elaborada por ela tenha a face direita como uma especie de copia da esquerda. Quando comparamos a formula com um building block do DNA percebemos que as duas sao a mesma configuracao e funcionamento, o que indica que o DNA pode ser dividido pela formula entre haste esquerda e direita. E qualquer uma das faces depois da divisao tambem representa a anatomia geral do RNA. Mais tarde descobrimos que F5 e’ o phi number, responsavel pela bi-lateral simetria. Ora, replicar o DNA, abrindo o zipper, separando os nucleotideos em duas hastes com suas bases, e’ produzir bi-lateral simetria.

Entao tinhamos a forte suspeita de que o RNA tivesse surgido primeiro que o DNA, e este apenas se formou quando a molecula de RNA foi capturando bits-informacao ralacionados `a face direita. nao nos surpreendeu quando depois surgiu a teoria do RNA-world. Porem aparentemente temos dois problemas entre as duas teorias.

  1. Enquanto existia apenas RNA – Segundo a teoria da Matrix – este era incapaz de replicar-se… ou nao? Vejamos. Quando o circuito chegou a F4, ele teria diretamente formado F6 ou F5? Se formou primeiro F5, a funcao replicadora, nao vejo como esta poderia funcionar sem o circuito esferico completo, na forma do DNA. Parece-me que F4 apenas seja estimulado a produzir F5 se a entidade do Sistema estiver instavel e buscar a estabilidade termodinamica. Alem disso, sabendo-se que RNA nao possui o acucar desoribose – que e’ F1 – ele deve ser constituido apenas de F2, F3 e F4. mas como F5 e’ uracila, que e’ uma base presente apenas no RNA, ele teria o orgao reprodutor porem nao teria a carga genetica completa para produzir DNA. Para ter ela complete precisaria ter F1. Entao o RNA nao podia se auto-replica. Ora, acredito que para o projeto de criar o primeiro DNA, a partir do RNA teria que existir muitos exemplares de RNA, apenas um nao teria tempo para executar tudo. O que significa que teriamos de considerer a hipotese de que nao houve um unico primordial RNA, mas sim, que essa molecula surgiu varias vezes separadas entre si. Mas se, formado o RNA, ao inves de partir para elaborar F5. o fluxo tivesse entrado a fazer a face direita fazendo ja F6, entao a direita construiu F1, o que permitiu ao Sistema iniciar sua replicacao.

Mas sabemos que o RNA tem a capacidade de se replicar. Como ele o faz, sem F1. Parece impossivel, a nao ser que F2 tenha em si mais da metade das informacoes de F1, o que tambem nao ‘e uma ideia confortavel. Entao surge aqui uma ideia e uma pergunta aos quimicos: Onde e como o RNA se auto-replica? Porque a Matrix sugere apenas uma possibilidade: que ele atue como virus, ou seja, ele precise penetrar no nucleo da celula e utilizer a F1 do DNA para se replicar.

Esta  questao preciso consultar os quimicos ou a biologia molecular.

2. O Segundo problema e’  que no DNA, os dois fluxos de informacoes – da haste esquerda e da direita – tem sentidos e significados opostos entre si. Na primeira a energia e’ crescente, fase de desenvolvimento e construcao; na segunda a energia e’ entropica, decrescente, fase de degeneracao, auto-aniquilamento. Entao para que o RNA produzisse DNA, quando seu fluxo chegasse a F4, e ao sair dessa funcao, teria que ter em si agregada a funcao da entropia. Vinda de onde, e como? A entropia nada constroi a nao ser caos, nao iria construir F6. E se o RNA adquirisse a entropia a partir de F4, ele nunca se auto-replicaria.

Este problema nos leva a suspeitar que o RNA surgiu, originalmente, em duas formas, opostas entre si. Digamos, uma spin right e a outra, spin left. Alias, parece-me que tudo na natureza tem que surgir nestes dois pares opostos. O problema e’ que, tendo-se duas fitas de aparencias iguais, e nas duas correm um fluxo de energia de uma ponta a outra, e sendo as duas aparentemente no sentido horario, como se vai detectar que numa o fluxo vai da ponta A para a B e a outra vai de B para A? Se as 4 pontas parecem iguais, quem determina qual seja A ou B?

Olhem…, sabe de uma coisa? Para mim nao vejo vantage nenhuma em ficar titrando a poeira de cima dos registros historicos para saber quem veio primeiro ou depois. O importante e’ saber que tanto RNA como DNA estao contidos na formula da Matrix que veio do ceu. O que ela fez aqui primeiro ou depois nao me interessa a ponto de ficar quebrando a cabeca com esse enignma complicado. certo que sempre e’ util elaborar um esquema destas especulacoes, um raciocinio metodico e escrito como fiz acima, pois destes raciocinios muitas vezes surgem importantes insights para outros problemas. Como foi a cima a repentina questao ou hipotese de que o RNA primordial funcionou como virus. Mas eu vou parar esse assunto por aqui.

  • ” Ok, senhor Louis, podes parar e descansar a cabeca. Mas antes voce me permite apenas mais uma perguntinha, que nao tem a ver com RNA, DNA…?”
  • “Pois nao…”
  • ” Quem surgiu primeiro, o ovo, ou a galinha”? ( e o perguntador vai se afastando e saindo correndo…)
  • – ” Arrrrghhh…. vem aqui, moleque, ah, se eu te pego…”

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Quem veio primeiro? Ninguem… chegaram juntos

sexta-feira, novembro 10th, 2017

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DNA ou Proteina

Resposta obtida consultando a formula da Matrix/DNA

” Quem veio primeiro, o ovo ou a galinha? Esta pergunta não faz sentido. Galinha ‘e o produto da evolução de alguma ave que veio antes dos repteis. No processo de transformação da ave ancestral, as mudanças foram lentas, graduais, não existe uma linha divisória exata entre as duas formas. O ovo sempre acompanhou a ave ancestral e a galinha, portanto tambem nao existe uma linha divisória, exata, entre o ovo ancestral e o atual. No caso do DNA e proteína a resposta e’ similar. Ambos vieram de LUCA – the Last Universal Common Ancestor. Acontece que LUCA nunca viveu na Terra ( nem mesmo existiu de fato). LUCA seria o sistema funcional que se obteria conectando os sete diferentes tipos de astros que existem na mesma sequencia temporal em que foram formados. A formação destes sete diferentes tipos foi obtida a partir de um corpo ou astro inicial, provavelmente as estrelas de gaz leve que resultaram da evolução da anterior nebulosa de átomos. Este corpo leve e quase transparente foi penetrado por uma onda de luz universal (proveniente ainda do Big Bang). Acontece que as ondas de luz universal são o resultado da radiação eletromagnética, a qual, verificada no espectro eletromagnético apresenta sete faixas diferentes, cada faixa tendo cor, vibração, intensidade para energia, especificas. Quando a onda recém emitida penetra tal estrela ela esta no estado inicial, como gamma ray, ou raios gama. A seguir ela se transforma para a próxima faixa, quando então a primeira se separa e com ela separa-se uma porcão da matéria que a circunda. Depois a segunda onda se separa e novamente, fica envolvida com a outra porcão da matéria que a circundava. Ora, como cada onda tem vibração e consistência própria, cada porcão de matéria terá se modelado nesta mesma consistência, de onde surgem sete corpos diferenciados entre si.

Estes corpos/astros separados no espaço contendo internamente uma especie de alma de luz ( o que restou da sua faixa especifica), que o modelou, lhe deu a forma, e’ o mesmo conjunto que pela evolução denominamos de “organismo mais seu DNA”.

Nas origens dos sistemas biológicos ( erroneamente chamados de “vivos”, pois tendo as mesmas propriedades expressadas ou em estado latente, os ancestrais astros tambem seriam “vivos”) chegaram a superfície da Terra ( pela luz estelar e pela radiação cósmica, como ainda vindo da radiação dos núcleos planetários), bits-informação de cada parte, cada detalhe dos sete astros. Aqui estes bits ( na forma de fótons) tendem a se juntarem com seus antigos vizinhos, e com isso formam “pedaços” do sistema-astro. Um destes pedaços na forma orgânica biológica são as proteínas, outro pedaço representa o núcleo do sistema, o que deu no DNA. As proteínas se referem a pequenos trechos do circuito esférico total da formula que era a “Matrix/DNA” astronomica. Então proteína e DNA se formaram lado a lado, como partes vindas de um único sistema. Depois de formado os pedaços, estes repetem o processo e se ligam num pacote inteiro, reproduzindo assim, biologicamente, o sistema astronomico – LUCA. O sistema resultante foi a primeira célula biológica. Então não faz sentido perguntar qual veio primeiro.

Origem do Primordial Ancestral (LUCA) da Vida Diversificada e a Complexidade do Proteoma

sábado, outubro 29th, 2016

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The proteomic complexity and rise of the primordial ancestor of diversified life

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3123224/

Published online 2011 May 25. doi:  10.1186/1471-2148-11-140

( Ler o artigo, depois traduzi-lo)

Background

The last universal common ancestor represents the primordial cellular organism from which diversified life was derived.

O ultimo universal comum ancestral representa o organismo celular primordial a partir do qual a diversificação da vida foi derivada.

Evolução do Proteoma e Origem Metabólica da Transcrição e da Vida Celular

sábado, outubro 29th, 2016

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(Este artigo não tenho acesso. Copiado aqui o endereço e abstrato para traduzir)

Proteome Evolution and the Metabolic Origins of Translation and Cellular Life

http://link.springer.com/article/10.1007/s00239-010-9400-9

Article:

Abstract

The origin of life has puzzled molecular scientists for over half a century. Yet fundamental questions remain unanswered, including which came first, the metabolic machinery or the encoding nucleic acids. In this study we take a protein-centric view and explore the ancestral origins of proteins. Protein domain structures in proteomes are highly conserved and embody molecular functions and interactions that are needed for cellular and organismal processes. Here we use domain structure to study the evolution of molecular function in the protein world. Timelines describing the age and function of protein domains at fold, fold superfamily, and fold family levels of structural complexity were derived from a structural phylogenomic census in hundreds of fully sequenced genomes. These timelines unfold congruent hourglass patterns in rates of appearance of domain structures and functions, functional diversity, and hierarchical complexity, and revealed a gradual build up of protein repertoires associated with metabolism, translation and DNA, in that order. The most ancient domain architectures were hydrolase enzymes and the first translation domains had catalytic functions for the aminoacylation and the molecular switch-driven transport of RNA. Remarkably, the most ancient domains had metabolic roles, did not interact with RNA, and preceded the gradual build-up of translation. In fact, the first translation domains had also a metabolic origin and were only later followed by specialized translation machinery. Our results explain how the generation of structure in the protein world and the concurrent crystallization of translation and diversified cellular life created further opportunities for proteomic diversification.

 

 

Ribozima que Replica e Transcreve Um RNA Existente como Template, Para Entender o “RNA-World”

terça-feira, agosto 23rd, 2016

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Scientists take big step toward recreating primordial ‘RNA world’ of 4 billion years ago

https://www.sciencedaily.com/releases/2016/08/160815185822.htm

Date: August 15, 2016 – Source: Scripps Research Institute

E’ preciso notar e nunca se esquecer que esta ribozima que sintetizaram no laboratorio nao produz RNA, como a noticia parece querer transmitir. Ela precisa de um RNA feito antes, ja pronto. Apenas entao ela pode se ligar a ele, usa-lo como template, para replica-lo e transcrever seu codigo na formacao de outras moleculas vitais, inclusive para fazer o RNA produzir copias de si mesma.

E’ um grande e respeitavel e louvavel passo para as Ciencias e nossa fundamental busca do conhecimento sobre as nossas origens. Porem, o grande problema permanece: Como surgiu, antes dessa ribozima, o primeiro RNA? Teria ele vindo de um outro template ainda invisivel e desconhecido por nos que teria existido a 4 bilhoes de anos atras? E’ o que a formula da Matrix/DNA sugere, e ela se mostra a si mesma como sendo este template.

O presente artigo suscita algumas pesquisas, o que sera’ feito aqui no prosseguimento: 

Pesquisa:

– ribozyme [a special RNA enzyme]

3D structure of a hammerhead ribozyme

                                                       Estrutura tridimensional de uma ribozima

Definicao:

Uma ribozima é uma molécula de RNA com capacidade auto-catalítica semelhante às enzimas. O termo ribozima, em si, deriva da combinação das palavras enzima de ácido ribonucleico. As ribozimas são moléculas de RNA que possuem a capacidade de atuar como catalisadores,ou seja, de diminuir a energia de ativação de uma reação de forma específica. Tal como as enzimas proteicas, possuem um centro activo que se une especificamente a um substrato e que facilita a sua conversão num produto. As ribozimas são menos versáteis que as enzimas protéicas

Questao: O que realmente e’ “catalizar”? Onde existem exemplos na nossa vida real deste tipo de evento? Porque na Natureza e’ necessario “diminuir a energia de ativacao de uma reacao, … de uma forma especifica?”

O que isto significa quando pensamos na formula da Matrix/DNA, apenas no estado de template abstrato, e sendo copiada, manifestada, no mundo material? Bem,… acho que basta pensar num humano-crianca, crescendo no ritmo do ciclo vital. Se ele crescer ( ou nao crescer) em outro ritmo errado, nao vai haver transformacao para adolescente, jovem, e adulto. Entao, a materia bruta do planeta nao tem relogio biologico… ( epa! Eureka?! Foi aqui que comecou este fenomeno de relogio biologico, ciclo circadiano., etc? Ribozimas seriam o ancestral primordial do relogio biologico?), e por nao ter relogio biologico e nenhum outro motivo para controlar reacoes em acordo com algum ritmo metodico, precisava existir as ribozimas que se impoe a essa materia bruta, exigindo, ou tocando, um ritmo e exigindo que os atomos se comportem movendo-se em sintonia com este ritmo. Esta bem… respondida a questao.

Centro Ativo … da riboenzima:

O sítio ativo (ou centro ativo) é a pequena região de uma enzima onde ocorrerá uma reação química. Provém de grupamentos de partes da sequência de aminoácidos. As enzimas são muito específicas para os seus substratos. Esta especificidade se deve à existência, na superfície da enzima de um local denominado sítio de ligação do substrato. O sítio de ligação do substrato de uma enzima é um arranjo tridimensional de aminoácidos de uma determinada região da molécula, geralmente complementar à molécula do substrato, e ideal espacial e eletricamente para a ligação do mesmo . O sítio de ligação do substrato é capaz de reconhecer inclusive isômeros óticos “D” e “L” de um mesmo composto. Este sítio pode conter um segundo sítio, chamado sítio catalítico ou sítio ativo, ou estar próximo dele; é neste sítio ativo que ocorre a reação enzimática.

Buscar outros termos no artigo para pesquisa e Googlar “riboenzyme” e continuar pesquisa.   

 

 

Estao no Caminho de Descobrir como a Natureza “inventou” as Proteinas e Enzimas

segunda-feira, agosto 15th, 2016

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Quando um gene que executa uma importante função esta faltando ou não funcionando, as chamadas “enzimas promiscuas – porque podem fazer mais funções que a especifica função dela), se juntam e aprendem a executar a missão do ausente gene. Esta descoberta levou os pesquisadores a sugerirem que talvez estas enzimas tenham executado estas funções no passado, em outras criaturas mais primitivas, Como diz o pesquisador: ” Tentar entender  como os novos trajetos surgem, que tipos de mecanismos subjazem as forças que modelam estas trajetórias, e’ essencial tanto para a medicina como para entender a evolução a nível molecular”.

Com isso, os biólogos estão – sem o saberem – tocando o Cosmos. Pois a formula da Matrix/DNA sugere claramente o que são e de onde vieram estas moléculas denominadas enzimas, proteínas, aminoacidos, e quais funções executavam no sistema dito “não-vivo” ancestral de todos os seres vivos e o grande administrador da historia da biogênese. A criatura mais primitive que eles estão procurando esta no céu que nos rodeia e nos estamos dentro dela, como as tais enzimas.  Por isso não pude deixar de dar meu piteco no artigo cientifico postando os dois seguintes comentários copiados abaixo:

‘Promiscuous’ enzymes can compensate for disabled genes

By Laurel Hamers – 12:03pm, August 12, 2016

https://www.sciencenews.org/article/%E2%80%98promiscuous%E2%80%99-enzymes-can-compensate-disabled-genes

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AvatarLouis Charles Morelli – 08/15/2016

This research can lead to the jump of knowledge from biological to cosmological evolution. When Betul Kacar says that “the new role played by promiscuous enzymes could have once been its main job”, she is touching the very deeper dimension of evolution. But, this role may have been played in another ancestor system (LUCA) and not by enzymes as we know them today, but by their ancestors. That’s what is suggesting Matrix/DNA Theory.

What is enzymes and proteins? Which are the deep means for their existence? How and why Nature – having only the stupid matter of this lost planet – created these fantastic phenomenon? Answer: Nature has not created them here. They are merely the biological shape of ancestors elements that were performing their functions at the system that created this planet: this galaxy. The system is a spherical circuit where the pieces (astronomical bodies) are aligned just in same sequence that the different shapes of a human body during its lifetime are aligned due the vital cycle. Each protein represents a small slice of the spherical circuit, performing at molecular biological level the function corresponding to that slice. Enzymes are biological representations of astronomical catalysts that avoid, for instance, explosion of bodies. We are finding that the microscopic molecular level is just am exactly copy ( mutated reproduction) of the macroscopic level and we didn’t it before because the modern astronomical model is wrong.

“Trying to understand how novel pathways arise, what kind of mechanistic underlying forces shape those trajectories, is quite essential,” she says. It would be very good for her if seeing the new astronomical models and the Matrix/DNA’s formula for natural systems, like the building blocks of DNA and the building blocks of galaxies, at my website, because they are just equal. Sorry, but, Biology will need to go to Astronomy for really understanding the meaning of each biological phenomena.

Raj Kamal

Promiscuous enzymes appear to be mighty tool of nature to help survival of the living organism as a whole unit thus a dynamic boost for evolution to march forward.

Louis Charles Morelli – in reply to Raj Kamal

Yes, Raj, but their existence was designed in the stars and by Nature. They are the systemic biological counterpart from what we call “fuzzy logics” performed by non-biological systems, like atoms, galaxies… The universal natural formula for organizing mass, energy and light into working systems has seven fundamental functions performed by its seven parts ( as you can see the formula at my website). But at new environment/conditions these fundamental functions are mixed resulting in new sub-functions, this is fuzzy logics and promiscuous enzymes…

E meu post no Facebook:

Louis Charles Morelli –  New York  – 8/16/2016
Descobri agora que na selva eu tinha percebido mais um importante fenômeno que ninguem pensou ainda. Muitas doenças, anemias, são causadas pelo não funcionamento de algum gene. Por exemplo, suponha que o gene para testosterona não funcione, Acho que o cara fica “desinteressado por aquilo, em contraste com a maioria dos homens que só pensam naquilo – estes homens não prestam mesmo…”

Mas sua saude muitas vezes e’ salva porque existem as “enzimas prostitutas” – que os cavalheiros ingleses para disfarçar enganando, as chamam de “promiscuous enzymes”

Cada enzima e’ produzida pelo organismo para desempenhar uma nica e especifica função. Porem tem algumas que alem da sua função, se metem a se unirem com suas iguais quando o organismo esta padecendo pela inatividade de um gene e o grupo executa a função do gene faltante! Sao verdadeiras heroínas, como acho que tem sido na Humanidade as reais prostitutas voluntarias ( não aquelas coitadas que são obrigadas a isso por miséria), pois não e’ fácil sair de sua zona de conforto para fazer o trabalho sujo de outros.

Mas para um filosofo, a todo novo fenômeno descoberto surge logo as incomodas perguntas: como? porque? de onde veio isso? Como a Natureza (ou seja la mais quem for) inventou isso, do nada? E enquanto o filosofo não encontra as respostas ele fica com a cabeça na Lua, por isso já me chamaram nestas ocasiões de “desinteressado”. Não tem nada a ver!

Os cientistas descobriram as enzimas promiscuas recentemente, como digo no meu artigo publicado ontem em meu website, mas eu comemorei a descoberta porque eu já tinha previsto a existência delas a 30 anos atras, como esta garantido pelos meus copyrights!

Não foi a matéria estupida deste perdido planetinha na imensidão cósmica que inventou a profissão de prostitutas e nem a de enzimas prost…. quer dizer, promiscuas. Naaão,.. a existência delas já estava projetada nos céus a 10 bilhões de anos atras, muito antes das origens da vida neste planeta.
Isto e’ facilmente percebido quando você conhece e entende a formula simples que a Natureza sempre usou para montar todos os sistemas naturais, de átomos a galaxias a células a corpos humanos.

Observando a formula – que esta no meu website – nota-se que um sistema natural perfeito e’ composto de sete partes e cada uma executa uma especifica universal função sistêmica. A função numero 4 por exemplo e’ a responsável por criar as peças e coordenar as funções do elemento macho no sistema, então se ela esta fazendo galaxias ela produz cometas representando espermatozoides, gigantes vulcões nos pulsares para ejetarem estes cometas ( então o moderno herdeiro no corpo humano dos vulcões são os…coisa feia!),

Mas então a formula suprema para sistema perfeito ( que na verdade não pode existir pois isto seria o eterno moto continuo e ai terminaria a Historia deste Universo, ela apenas quase chegou perto da perfeição, da sua aplicação total, nos sistemas galácticos), que seria um sistema completamente fechado em si mesmo, se abre como copias diferenciadas para permitir a enorme diversificação de sistemas, especies, indivíduos, que são sistemas abertos em si mesmos. Ela faz isto acasalando duas diferentes funções universais e obtendo uma terceira função como meio-termo. Então se temos F3 e F4, a mistura das duas pode resultar em inúmeras copias de sub-funções, que seriam 3/4,01,ou 3/4,02, e assim por diante.
Assim surgiram os aspectos promíscuos das funções sistêmicas universais. Os físicos e matemáticos ao lidarem com logica descobriram este aspecto da Natureza e chamaram de “fuzzy logics”, que quer dizer elementos de logica difusa, ou confusa.

Graças a este golpe astuto da Natureza ( ou seja la de quem for tenha sido nosso criador), existe a evolução e estamos vivos aqui hoje, senão, o primeiro sistema perfeito estaria se reproduzindo a si mesmo ate hoje, o Universo ficaria patinando sem sair do lugar, e a evolução não aconteceria.

E sabe de uma coisa? Sempre quando o filosofo descobre mais um golpe astuto como este ele fica com os pelos todos arrepiados e não resiste a comemorar o fato. Então me deem licença que vou mandar a disciplina para a tonga da mironga e vou abrir uma cerveja, porque ser prostit…. quer dizer, ser promiscuo, as vezes e’ um ato heroico…….kikiki..