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Origens dos Nucleotideos e pista para “Mutações Dirigidas Pela Matrix/DNA”

domingo, outubro 7th, 2012

Baseado no video:

3 — 淺談生命的起源 (The origins of life made easy)

The origins of life made easy

Deparo-me aqui com uma importante descoberta. Veja a formula de adenine:

adenine

adenine

Fixe a vista na dupla ponte que é link entre os dois grupos, feita de C. Agora repare como a face esquerda se copiou igual na face direita. São exatamente duas v6ezes a formula da Matrix, superpostas. Mas repare que durante a cópia houve uma mutação. Se na face esquerda havia apenas uma sequencia N>HC>N and um link saindo de N para um H1, na segunda face foi copiada a mesma sequencia N>CH>N mas apareceu mais um C, lá em cima, o qual se apossou do link para H porem foi acrescentado mais im H e mais um N. Isto pode ser interpretado como êrro de cópia ou leitura, as quais produzem as mutações. Mas pode ser que não seja um êrro acidental, pode ser que o processo estava sendo dirigido pela Matrix. Isto tenho que pesquisar, na sequencia da evolução, a que propósito ou final resultado se destinava esta mutação.  Mas por enquanto voi estudar o fato visto no video a pergunta: De onde vieram os nucleotideos? onde hidrogen cyanide ( HCN) mais amonia (NH3) expelidos por vulcões formaram a adenina.

Minha questão postada no debate do Bill Nye: Certainly he knows the theory about “single cell organism’s from chemical reactions” from high school. If he is asking how life began is because he does not accept this theory. Why hydrogen cyanide separated from the Prussian blue and linked to ammonia for resulting in adenine if it never happens and any other situation? The theory suggests it was due pure chance, which is a hypothesis not falsiable. He is in his right.

Hydrogen cyanide (with the alternate archaic name of prussic acid) is an inorganic compound[6] with chemical formula HCN. It is a colorless, extremely poisonous liquid that boils slightly above room temperature at 26 °C (79 °F). Hydrogen cyanide is a linear molecule, with a triple bond between carbon and nitrogen. A minor tautomer of HCN is HNC, hydrogen isocyanide.

History of discovery

Hydrogen cyanide was first isolated from a blue pigment (Prussian blue) which had been known from 1704 but whose structure was unknown. It is now known to be a coordination polymer with a complex structure and an empirical formula of hydrated ferric ferrocyanide. In 1752, the French chemist Pierre Macquer made the important step of showing that Prussian blue could be converted to iron oxide plus a volatile component and that these could be used to reconstitute it. The new component was what we now know as hydrogen cyanide. Following Macquer’s lead, it was first isolated from Prussian blue in pure form and characterized about 1783 by the Swedish chemist Carl Wilhelm Scheele, and was eventually given the German name Blausäure (lit. “Blue acid”) because of its acidic nature in water and its derivation from Prussian blue. In English it became known popularly as Prussic acid.

In 1787 the French chemist Claude Louis Berthollet showed that Prussic acid did not contain oxygen, an important contribution to acid theory, which had hitherto postulated that acids must contain oxygen[8] (hence the name of oxygen itself, which is derived from Greek elements that mean “acid-former” and are likewisecalqued into German as Sauerstoff). In 1815 Joseph Louis Gay-Lussac deduced Prussic acid’s chemical formula. The radical cyanide in hydrogen cyanide was given its name from the Greek word for blue, again owing to its derivation from Prussian blue.

Notar o  HCN como um H retirado de Fe ( o traço-ponte) e que HCN é o componente volatil, gasoso.

DNA: Identificando a função de cada base

segunda-feira, outubro 18th, 2010

DNA - Estrutura Química

Já sabemos que a base nitrogenada uracila representa a função sistêmica universal F.5. Agora surgem novas pistas para identificar as outras bases. Existem apenas duas pontes de hidrogênio ligando adenina e timina e três pontes ligando guanina e citosina. Isto sugere que guanina e citozina com três pontes representa o trecho do circuito-matriz mais forte, portanto o lado esquerdo e que guanina e citozina estão representando as funções 2 e 3. A ligação adenina e timina com duas pontes sugere o tracho mais fraco após a divisão do circuito em F.4., portanto representaria a face direita, funções 6 e 7. Desde que entre f.2 e f.3 o mais forte é f.2 porque o nucleo energético ainda está semi-desnudo, e desde que guanina tem um grupo atômico a mais que citosina, estas duas pistas sugerem que guanina seja F.2 e citozina F.3. O mesmo é valido para a dupla adenina e timina, onde adenina representaria a função 6 e restaria para a timina a f.7.

Arquivo de Dados

sexta-feira, fevereiro 12th, 2010

Esta categoria servirá para registrar anotações de coisas que vemos no cotidiano e que sentimos ser útil para o desenvolvimento da teoria e que não se pode esquecer.

1) Abiogêneses:

Letters to Nature

Nature 375, 772-774 (29 June 1995) | doi:10.1038/375772a0; Accepted 1 May 1995

An efficient prebiotic synthesis of cytosine and uracil

Michael P. Robertson & Stanley L. Miller ( Da Stanley Miller Urey Experiência, que produzou os aminoácidos a partir de matéria inorgânica)

  1. Department of Chemistry and Biochemistry, University of California, San Diego, La Jolla, California 92093-0317, USA

IN contrast to the purines1–3, the routes that have been proposed for the prebiotic synthesis of pyrimidines from simple precursors give only low yields. Cytosine can be synthesized from cyano-acetylene and cyanate4,5; the former precursor is produced from a spark discharge in a CH4/N2 mixture4,5 and is an abundant interstellar molecule6. But this reaction requires relatively high concentrations of cyanate (>0.1 M), which are unlikely to occur in aqueous media as cyanate is hydrolysed rapidly to CO2 and NH3. An alternative route that has been explored7 is the reaction of cyanoacetaldehyde (formed by hydrolysis of cyanoacetylene8) with urea. But at low concentrations of urea, this reaction produces no detectable quantities of cytosine7. Here we show that in concentrated urea solution—such as might have been found in an evaporating lagoon or in pools on drying beaches on the early Earth—cyanoacetaldehyde reacts to form cytosine in yields of 30-50%, from which uracil can be formed by hydrolysis. These reactions provide a plausible route to the pyrimidine bases required in the RNA world9.

Meu comentário:

Esta tese conseguí vendo na Wikipédia, em “abiogêneses”, a seguinte frase:

 “Other research suggests a colder start to life. Work by Leslie Orgel and colleagues on the synthesis of purines has shown that freezing temperatures are advantageous, due to the concentrating effect for key precursors such as HCN.[22] Research by Stanley Miller and colleagues suggested that while adenine and guanine require freezing conditions for synthesis, cytosine and uracil may require boiling temperatures.[23] Based on this research, Miller suggested a beginning of life involving freezing conditions and exploding meteorites.[24] A new article in Discover Magazine points to research by the Miller group indicating the formation of seven different amino acids and 11 types of nucleobases in ice when ammonia and cyanide were left in a freezer from 1972–1997.[25][26] This article also describes research by Christof Biebricher showing the formation of RNA molecules 400 bases long under freezing conditions using an RNA template, a single-strand chain of RNA that guides the formation of a new strand of RNA. As that new RNA strand grows, it adheres to the template.[27] The explanation given for the unusual speed of these reactions at such a low temperature is eutectic freezing. “

Ok. Todas estas informações estão relacionadas à seguinte questão: Porque e como a Natureza criou um sistema de instruções em código e usando as seis ou sete tipos de sub-moléculas que constituem um par de nucleotideos? A resposta pela Matriz é: porque cada uma destas moléculas foi construída por uma das sete funções sistêmicas universais e claro, quando reunidas formam um sistema operante, denominado “par de nucleotideos”. Mas não existe dois destes sistemas exatamente idênticos no DNA. Cada um difere de todos os outros em algum minimo detalhe, portanto todos os nucleotídeos do DNA são derivados do Sistema-Matriz, e este fator de diferenciação entre êles determina un comportamento, uma tendência única e especifica,  que apenas o seu portador apresenta. Assim se formam os bits-informação: as letras ou caracteres do código. A grande obra agora por fazer é identificar qual molécula é o instrumento de cada função. Já tenho por certo que a sub-molécula conhecida por “uracila”, uma das bases nitrogenadas mas que só aparece no RNA, é a ferramenta da Função 5, a que executa as cópias, as reproduções, as reciclagens, portanto a função da perpetuação. Quanto ao açucar desoxiribose na haste já não existe duvida que representa as funções 1 (  o que está na haste á esquerda) e a função 4 (o que está na haste direita). Agora Miller está revelando que adenina e guanina são formadas em frias temperaturas enquanto citozina e uracila requerem elevadas temperaturas. Só não entendo porque ele não fala da timina. Mas então corramos ao software da Matriz para ver se esta informação nos ajudará em algo nesta identificação. Ora basta uma rápida olhadela para ver que sim! Grande!

No Sistema Matriz a haste da esquerda contem as duas funções frias, se o sistema for fechado, ou as duas funcões quentes, se o sistema for aberto – penso eu. Lembremo-nos que aqui, referindo-nos a abiogêneses, os sistemas são abertos. Pois no sistema fechado que é LUCA, os dois corpos à esquerda tendem a serem frios e opacos (lua e planeta) mas quando neste sistema se abre acho que prevalece o fator de energia crescente, up, quando o astro está crescendo (por isso poderiamos inferir que são corpos quentes). Quanto aos dois corpos à direita, no sistema fechado tendem a esfriarem, pois são atacados pela entropia, envelhecem e morrem. Mas no sistema fechado, em LUCA, são os dois corpos quentes, supernova e anã vermelha. Então como ficamos? Por ora vou apostar que citozina representa uma função quente em sistema aberto, que pode ser F2 ou F3. Adenina e guanina representam então funções frias em sistema aberto, uma deve ser F6 e a outra F7. Quanto a uracila não resta duvida que o experimento de Miller corrobora nossa conclusão anterior: seja em sistema aberto ou fechado, F5, que é o cometa astrônomico, o esperma no sistema reprodutor biológico, etc., é produzido sempre sob elevada temperatura (cometa produzido por vulcões no pulsar, espermatozóides produzidos ou emitidos pela fricção no ato sexual, etc.)

É assunto da mais extrema importância desvendar quem é quem no código do DNA e esta informação do Miller pode ter-nos ajudado muito.

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