Posts Tagged ‘Biologia Celular’

De Onde a Natureza Obteve Essa Idéia de Ligar ou Desligar um Gene no DNA?! Veja a Surpreendente Explicação da Matrix/DNA

sexta-feira, novembro 7th, 2014

Genes: Qual a Origem da Expressão dos Genes? Uma Hipótese pela Matrix/DNA

Pensando no fenômeno da mudança ou reversão dos campos magnéticos da Terra e do Sol, tive esta intuição: este mecanismo que operava nos sistemas astronômicos, tornou-se no sistema DNA o mecanismo que  “liga e desliga” um gene. Quando liga, faz um gene vir à ativa, sair do estado de dormência, inércia, ou seja, o gene se expressa. O Sol a cada 11 anos muda seu campo magnético dando uma virada total, fenômeno que ainda não foi explicado cientificamente. Observando a fórmula Matrix/DNA obtenho uma explicação racional para esta mudança, pois ela tambem é bipolar e o movimento da energia vai de um polo a outro, alternadamente. Mas esta alternância me levou a perceber mais um detalhe: enquanto o fluxo de energia está num polo, digamos, o Polo Sul, o outro polo não existe de fato, apenas existe como potencia latente, ou existe em potencial. À medida que o fluxo avança e chega ao outro polo, digamos, o Polo Norte, agora é o Polo Sul que não existe, ou seja, existe apenas em potencial. Vai daí que suponho que este mecanismo evoluiu quando o building block dos sistemas astronômicos evoluiu para a forma de nucleotídeos, tornando-se a base do fenômeno da expressão dos genes.

E isto é espetacular, tendo em vista a nossa busca desesperada para eliminar doenças mortais tradicionais que parecem estarem relacionadas com a genética, que parecem ter como causas as erradas sinalizações dentro do DNA fazendo expressarem genes errados em momentos errados. Alem disso este assunto nos conduz ao avanço na busca do conhecimento e entendimento da Vida.

Tendo isto em mente, tentarei arrumar tempo para desenvolver mais esta hipótese, começando por trazer a fórmula da Matrix/DNA e a seguir “gogglando” a busca “expressão de genes” para obter todas as informações que as Ciências já coletaram.

E o desenho do circuito do fluxo interno de informação da fórmula da Matrix/DNA na sua versão de sistema perfeito fechado, na forma de diagrama de software

E o desenho do circuito do fluxo interno de informação da fórmula da Matrix/DNA na sua versão de sistema perfeito fechado, na forma de diagrama de software

Mas tambem temos que nos lembrar que esta figura acima é a fórmula no seu estado de building block de sistemas astronomicos, que esta fórmula tambem está sob evolução, portanto ela muda de forma, desde a mais simples a cada vez mais complexa. A sua forma mais simples é a de um vortex quantico ( que pipocavam no espaço nas origens do Universo), o qual se desfaz no meio da substancia espacial adquirindo a forma de ondas de luz, por isso vamos tambem trazer para cá a figura de uma onda de luz segundo a minha interpretação do que é uma onda de luz me baseando na fórmula da Matrix/DNA. Pois está me parecendo que a expressão dos genes ocorre porque cada trecho do DNA pulsa, ou vibra, numa frequência especifica, e energia move-se nas hastes da mesma forma que as ondas de luz. Então um gene ou grupos de genes se expressa quando a energia chega na frequência X no trecho do DNA sob a frequência X, e não se expressa quando a energia passa pelo trecho em outra diferente frequência.

Light - The Electro-Magnetic Spectrum

 

E gogglando “gene expressão”:

http://pt.wikipedia.org/wiki/Gene ( ler isto)

Gene expression : http://en.wikipedia.org/wiki/Gene#Gene_expression ( ler isto) 

O ancestral dos Centriolos? Dipolo Elétrico?

sexta-feira, novembro 7th, 2014

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Observando o movimento do campo elétrico ( que está relacionado ao campo magnético da Terra e ao mecanismo bipolar da fórmula da matrix/DNA) lembra-se do movimento dos centriolos na divisão celular. Então, o centriolo que tem sido um mistério para a Matrix/DNA, se é um representante de um mecanismo bipolar da forma, teve como ancestral o campo eletrico? Registro isso aqui para posterior pesquisa.

http://en.wikipedia.org/wiki/Electric_dipole_moment

Animation showing the electric field of an electric dipole. The dipole consists of two point electric charges of opposite polarity located close together. A transformation from a point-shaped dipole to a finite-size electric dipole is shown.

 

http://pt.wikipedia.org/wiki/Centr%C3%ADolo

A mother and daughter centriole, attached orthogonally.

Micrograph showing condensed chromosomes in blue, kinetochores in pink, and microtubules in green during metaphase of mitosis

Nova Invenção é Grande Oportunidade para Testar a Visão de Mundo da Matrix/DNA:

quarta-feira, outubro 29th, 2014

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Veja no quadro abaixo porque nossas ciências ainda é tão limitada que nunca conseguiu eliminar as doenças mortais tradicionais, como o câncer, diabetes, etc. Durante quase um século ficamos limitados ao máximo que podemos ver no reino microscópico usando microscópios eletrônicos, ou microscópio óptico:  as formas, aparências externas das organelas celulares, e no estado isolado, como “mortas”. Nunca vimos alem disso, onde jazem os reinos dos virus, das proteinas, e principalmente, nunca pudemos ver as peças e a maquinaria da célula funcionando, para conhecer como são os processos, as inter-relações entre os elementos dentro de uma célula. É como se uma inteligencia alienígena feita de ferro e vinda de um planeta de ferro visse apenas as formas dos seres vivos na superfície deste planeta, e formas estáticas. Esta inteligencia saberia que estas formas se movem, interagem, ocorrem processos, mas poderia apenas imaginar, elaborar teorias calculando estes processos. Assim se encontra nosso conhecimento atual do reino ao nível das células. O pior ainda é elaborar teorias de formas que sente-se existirem porque nota-se efeitos no ambiente, mas nunca se pode vê-las. Como elaborar teorias certeiras sobre o que produzirá todos os ventos que não se pode ver? Assim como sabemos que tem de existir uma força natural à qual damos o nome de “gravidade” porque vemos seus efeitos, mas ainda ninguem sabe ou entende o que na realidade é esta força, assim acontece com nosso conhecimento dos vírus e proteínas. Não sabemos o que na verdade significam, quais suas origens, etc. Prova disso é que ainda permitimos existirem os elementos que são nossos inimigos invisíveis.

Mas agora o poder de nossa visão foi em muito ampliado, com a invenção de novos instrumentos de observação. Vamos poder ver processos, interações entre as formas, os elementos dentro da célula. E assim corrigir as teorias improdutivas que temos tido até agora. Um novo entendimento do mundo, vindo dos reinos microscópicos, vai revolucionar nossas mentes e aumentar nosso poder sobre o mundo externo do qual dependemos mortalmente.

Dentre as tentativas de elaborar mais precisas teorias tínhamos as acadêmicas e a teoria da Matrix/DNA, que sugere uma visão de mundo bem diferente, portanto sugere processos e origens diferentes da teoria acadêmica. Agora é possível que avancemos no caminho da verdade, e uma destas duas visões de mundo perderá. Que vença a verdade.

Nobel de Química vai para microscopia que permite enxergar funcionamento das células

http://www1.folha.uol.com.br/ciencia/2014/10/1529129-trabalho-com-microscopio-de-alta-resolucao-rende-nobel-de-quimica-a-trio.shtml

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Dois comentários enviados à Folha e aguardando moderação ( ver se foram publicados)

O Brasil tem agora com este novo equipamento, uma grande oportunidade de dar a volta por cima e se posicionar na vanguarda mundial do progresso cientifico e tecnológico. Mais importante do que conhecer formas dos elementos do reino microscópico é conhecer os processos e inter-relações entre estes elementos. Até há dez anos atrás era apenas isto que a Humanidade podia alcançar, ver formas, o resto eram teorias construídas pelos efeitos observados nas redondezas destas formas. As teorias…(cont.)

As teorias elaboradas sobre os processos invisíveis do reino microscópico formaram a cultura acadêmica moderna mas esta cultura acredita numa visão equivocada do mundo, baseada na Física e Matemática ignorando as organizações da matéria nos níveis biológicos, esta tem sido a causa da ainda debilidade humana nas suas relações com elementos dos reinos micro e macro. Uma nova teoria surgida no Brasil e no único laboratório ainda virgem do planeta, a selva amazônica, chamada “Matrix/DNA Theory” fornece uma cultura e visão que podem deslanchar com estes novos equipamentos.

Mais Uma Descoberta da Matrix/DNA: O que é e como acontece a Expressão dos Genes

quinta-feira, março 20th, 2014

A expressão de genes ( a ativação funcional dos genes dentro de uma célula) é um processo fundamental para a vida. Um importante passo neste processo é a síntese de proteínas, onde os amino-ácidos, os building blocks que compõem o filamento da proteína, são conectados juntos como as pérolas num colar. Mesmo pensando que este mecanismo tem previamente sido descrito detalhadamente, alguns “estocásticos” aspectos tem sido negligenciados: na cadeia de eventos que caracterizam a síntese de proteínas há um certo componente de acaso, que influencia o tempo que é utilizado para a proteína ser montada. No link a seguir, foi publicado uma oportuna novidade sobre este assunto:

Science Codex

Protein synthesis and chance

http://www.sciencecodex.com/protein_synthesis_and_chance-126951

posted by news on january 29, 2014 – 4:01pm

Recentemente foi publicado no jornal Physical Review E um estudo de uma equipe do SISSA que tem investigado este aspecto e que descreveu o processo de translação de proteínas com um modelo matemático. No meu entender, estes cientistas desconfiaram que o processo seja apenas casuístico, que talvez existiria uma maneira de controla-lo, e o método escolhido foi a Matemática. Mas antes de lê-lo, permita-me informar que a leitura do artigo me induziu a observar a fórmula que denominei “Matrix/DNA” e que penso ser a fórmula que a Natureza tem usado para criar todos os sistemas naturais, desde átomos a galáxias a corpos humanos… e agora para desenvolver este novo sistema que denominamos de mente ou auto-consciência.  E dessa observação concluí que existe uma causa inteligível para o processo, que ele pode ser entendido e controlável, mas não aplicando-se a Matemática, e sim, a própria biologia da vida, com seus mecanismos e processos.

Eu já sabia qual o significado das proteínas para os sistemas biológicos (ditos “sistemas vivos”): proteínas representam – na organização biológica da matéria – o circuito sistêmico esférico da Matrix, nos trechos em que o corpo que rola no circuito porque animado pelo ciclo vital, salta de uma forma para a outra, sem estacionar ou apresentar completas as formas intermediarias. Portanto, proteínas representam o aspecto das ondas do tempo no circuito, enquanto os corpos ou partículas representam objetos no espaço do circuito. Para clarear esta definição, pense no álbum de fotografias da sua vida onde tem apenas seis ou sete fotos, cada uma representando seu corpo nas varias formas etárias, desde uma foto na sua forma de baby, depois de criança, adolescente, etc. Seu corpo muda de forma a cada minuto pois células morrem e são substituídas por outras sempre diferentes em algum minimo detalhe, mas no seu álbum não estão todas as milhares destas diferentes formas. Estes espaços de tempo entre uma forma e outra é representada na formula da Matrix por setas curvas, as quais representam a onda do tempo transcorrido entre duas formas. Quando a Matrix se tornou biológica, muitos das suas arquiteturas foram feitas com algumas formas fixas, como no seu álbum de fotografias. Assim são os diferentes genes: cada gene representa uma forma do corpo que rola no circuito, seria impossível ou desnecessário representar as milhões de formas diferentes do corpo do sistema no DNA.

Mas para isso ficar melhor entendido vamos trazer para cá a fórmula da Matrix:

 

E o desenho do circuito do fluxo interno de informação da fórmula da Matrix/DNA na sua versão de sistema perfeito fechado, na forma de diagrama de software

E o desenho do circuito do fluxo interno de informação da fórmula da Matrix/DNA na sua versão de sistema perfeito fechado, na forma de diagrama de software

Observando a fórmula acima, vemos que o circuito sistêmico externo é formado de setas e corpos denominados “funções”. Quando esta fórmula está operando no nível genético das células, as setas são substituídas pelas proteínas, e as figuras das funções, que representam formas do corpo em determinadas faixas etárias, por genes. O sistema inteiro, pelo DNA. Isto nos conduz a notar algo muito interessante, a fazer uma pergunta, por exemplo: “Quem foi o senhor Joaquim que morreu ontem? Acho que o conheci a 20 anos atras quando morei nesta cidade, Como era a aparência dele?” Ora o Joaquim morreu velho e já corcunda e se quisermos responder ao forasteiro teremos que calcular como era sua aparência a 20 anos atrás. Na verdade nós não somos apenas uma pessoa, se levar-mos em conta as transformações efetuadas pelo ciclo vital, nós somos milhares em um. Tanto que se fossemos apresenta o que fomos em vida numa foto seria impossível, teríamos que apresentar um filme com duração de 80 anos. Mas por incrível que pareça, o DNA é isto: uma foto apenas contendo todas as milhares de formas diferentes de um organismo, na forma de genes.  Por isso que quando chega a hora certa ele leva-o a envelhecer: ele esta apenas expressando uma forma sua futura que ele já continha desde seu nascimento! De fato, a Matrix é sempre uma traquinas nos aprontando estas peças, nos fazendo notar coisas que nunca havíamos pensado antes, apesar de existirem sob nossos narizes.

Em cada etapa de sua vida você tem mudado não apenas a forma de seu corpo, mas também a sua função como individuo, principalmente dentro das duas novas formas de sistemas que criamos: o familiar e o social. Enquanto baby a sua função é garantir a perpetuação da espécie apesar de não realizares nenhum trabalho útil, e enquanto adulto sua função de pai, mãe, traz consigo a sua função produtiva no sistema social. Por isso, na fórmula da Matrix, apesar de estar representando um corpo sendo transformado pelo ciclo vital, eu achei melhor colocar nas sete formas fixadas, não os nomes de baby, criança, adulto, etc., e sim o nome de função seguido de um numero. Pois a Matrix vale para todos os sistemas, e muitos sistemas, como átomos e galaxias, teria que ser explicado que adolescente é o elétron na terceira camada eletrônica, ou o planeta na galaxia, ou ainda o ribossomo na célula, etc. Vamos trazer para cá mais uma figura representando a fórmula, agora com as funções trocadas por formas reais produzidas pelo ciclo vital, num corpo humano e num corpo astronomico:

Human and Earth Life Cycle by MatrixDNA

Human and Earth Life Cycle by MatrixDNA

Mas se o jovem tem uma função e o adulto tem outra, esta mudança de função não ocorre de um momento para outro, ela vai mudando lentamente, tomando talvez uma década. E o DNA não precisa esperar essa década, ele faz um novo gene representando a forma adulta dando um certo salto no tempo depois que fez os genes representando as formas do jovem. Porem aí ele tem um problema: quando chega o RNA trazendo uma mensagem de que a célula ou o organismo necessita urgente realizar uma operação, e o responsável por essa operação é um dos genes da forma adulta, como ele pode acionar apenas aquele gene sem ter que fazer um gene inicial na forma de mórula e leva-lo por todas as fases até atingir a forma requerida? Eu ainda não refleti o suficiente sobre essa questão, mas sei que aí entram as proteínas. Uma determinada proteína representa o trecho do circuito, digamos, da seta entre a F2 e F3. Se ela continuar alem da F3 ela se tornaria uma partícula, a ferramenta fixa executando a F3. Mas para isso existe o Gene F3, ela apenas representa todas as formas anteriores e por isso ela vai direto executar a função daquele gene e não de qualquer outro. Entendeu? Nem eu que já estou escolado em pensar na Matrix  ainda não entendi muito bem, mas sei que é por aí.

É difícil de entender e necessita mais estudo porque realmente a coisa é complexa. Por exemplo, suponha que me viesse alguém agora que estou velho, me pedindo para resolver um problema que precisa aplicar raiz quadrada e função trinomial. Eu iria desejar estar na minha forma adolescente quando estudava no ginásio e tinha estas formulas frescas na memória, agora já não consigo me lembrar delas. É ilusão pensar que quanto mais madura uma pessoa se torna mais capaz de realizar qualquer tarefa, pois tem tarefas que podíamos fazer quando mais novos e quando velhos, já não somo mais capazes. Então imagine este problema no nível do DNA, quando tem que rapidamente expressar os genes certos para produzirem as proteínas certas para uma determinada operação. Talvez a operação exija uma tarefa inicial que é executada pelo gene da F3, uma tarefa seguinte que só pode ser feita pelo F1 e a seguinte tarefa novamente pelo F3… Isto nos tomará muitos anos de estudo.

Mas os diversos e quase infinito números de funções que existem intermediarias às sete fixadas na fórmula também têm seu ponto fixo no circuito, cada uma delas. Digamos que o organismo requer uma operação que seria executada no ponto F3 – 0,1674965… E em seguida outra função no ponto F3 – 0,85328543… Ora, a proteína emitida pelo gene em F3 para executar a primeira operação seria mais curta que a outra, e sua tradução demoraria menos que a outra. Uma tomaria menos tempo para ser montada que a outra. Claro! Mas para um observador que nada sabe da Matrix, e portanto não interpreta a existência de proteínas pelo mesmo significado que penso ver nelas, não existe razão lógica para essa variação de tempo, por isso o texto acadêmico diz que “a diferença de tempo contem uma certa dose de acaso”, e isso “afeta a tradução podendo produzir mutações ao acaso”. Eu concordo que numa tarefa mais demorada, existe muito mais chances de ocorrer erros que numa tarefa mais curta. Principalmente porque à medida que aumenta o numero do ponto no circuito, aumenta a complexidade da função, e complexidade envolve mais erros que tarefas simples. Então, à primeira vista, fico com o pressentimento de que o conhecimento fornecido pela Matrix seria inútil, algo como uma cultura inútil. Os acadêmicos simplesmente observaram uma parte de um evento e concluíram pelo óbvio, passando a navalha de Occam no problema. E seguindo sempre a orientação do método reducionista cientifico, perdidamente baseado na Física e Matemática, vão aplicar a Matemática para tentar abordar o problema das doenças humanas. Eu tive que dar uma volta por todos os sistemas do Universo, pensar em átomos, galaxias, ondas do tempo e partículas do espaço, etc, perdidamente baseado no método sistêmico, para chegar à mesma conclusão. Mas será isso mesmo? Já disse alguém que o acaso é desconhecimento de causas. Qual a diferença entre um pesquisador que acredita na mutação pelo acaso buscando a cura para uma doença e outro pesquisador que sabe qual a causa da mutação? Esta resposta só a teremos quando alguém de dentro da Academia descobrir a fórmula da Matrix e os pesquisadores imbuídos do conhecimento da Matrix atacarem estas doenças tradicionais que continuam torturando e matando humanos por milênios, sem que até agora se tenha encontrado suas curas. A resposta virá se estes pesquisadores encontrarem ou não as curas.

A seguir copio o artigo aqui ( os grifos são meus), pois necessito ler e reler e fazer a pesquisa de cada detalhe, alem de tentar entender este trabalho e técnica destes autores, os quais, para mim, são os verdadeiros e maior heróis da Humanidade, pois dedicam suas vidas buscando o beneficio para todo ser humano, alem de serem os fornecedores de dados nos quais tenho me apoiado para a elaboração das minhas teorias.  A Matrix/DNA se apóia sobre os ombros de gigantes, a verdade tem que ser sempre lembrada.

In mathematics, a stochastic system refers to a process that is subject to random changes, which fluctuate, however, around an average value. For the sake of simplicity, the system can be described considering only the average value, i.e., in a “deterministic” manner, where, given the conditions, the variable can assume only a single definite value. In actual fact, however – and this is true for many biological processes – the “cloud of values” that a variable can assume when the process is repeated over time can affect the efficiency of the process.

A group of scientists at SISSA has analyzed the stochastic nature of the protein translation process, testing it with computer simulations. “We considered a specific aspect of translation: the distribution of binding times (BT) that is the time needed for tRNA (a molecule capable of transporting amino acids) to carry the proper amino acid to the ‘matrix’ (mRNA) which ‘prints’ the proteins according to a specific code”, explains Pierangelo Lombardo, who carried out the research together with Luca Caniparoli – both from SISSA. “This time interval is not always the same, but it varies in a more or less random manner”.

“Imagine you know there is an average BT value, for example 1, which can be used conventionally when describing the system. In actual fact, however, each time we observe the process the value may be 1.1, 0.9, 0.7, 1.3 and so on. The value assumed each time by the BT changes in a stochastic, though not completely random, manner because it distributes into a cloud with a specific shape around the mean”, continues Lombardo. “The shape of this cloud is not indifferent, as it has an effect on the time needed for process of protein synthesis. What we found in our study is that the BT fluctuates more (i.e., the cloud is more spread out) than previously thought and consequently so does the time needed for protein translation”.

“Observations like this extend our knowledge on protein synthesis processes”, he concludes. “Knowing how translation times decrease and increase may also be useful to understand under which conditions these mechanism can fail”.

More in detail…

Gene expression consists in building proteins (or other macromolecules) starting from the genetic information contained in the DNA. The process occurs inside the cells. The original matrix of proteins are genes, small parts of DNA contained in the cell nucleus. The sequence of elements (nucleotides) making up the DNA contains the information needed for building proteins.

Simplifying the process greatly, we can say that first a sort of carbon copy is made of the sequences encoded in the gene. This first step is called “transcription”: a portion of DNA is copied into a small RNA molecule, termed mRNA or messenger RNA. This portion travels to the parts of the cell where the second step, translation (or protein synthesis), takes place with the help of structures called ribosomes which “read” the mRNA sequence and collect the material needed to build the protein.

Proteins, in fact, are made up of long chains of amino acids, the tiny building blocks normally found dissolved in the cytoplasmic fluid. Some small RNA molecules, called tRNA and different from mRNA, bind specifically to amino acids giving rise to tRNA-amino acid complexes. These complexes then go and interlock, like the teeth of a zipper, with the chain of mRNA, one after the other into the proper sequence of amino acids, which bind to each other to form the strand of protein.

Source: International School of Advanced Studies (SISSA)

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Pesquisa da Matrix/DNA:

Stochastic – ( From Wikipedia )

In probability theory, a purely stochastic system is one whose state is non-deterministic  (i.e., “random”) so that the subsequent state of the system is determined probabilistically. Any system or process that must be analyzed using probability theory is stochastic at least in part. Stochastic systems and processes play a fundamental role in mathematical models of phenomena in many fields of science, engineering, and economics.

Stochastic comes from the Greek word στόχος, which means “aim”. It also denotes a target stick; the pattern of arrows around a target stick stuck in a hillside is representative of what is stochastic.

Biology

In biological systems, introducing stochastic “noise” has been found[by whom?] to help improve the signal strength of the internal feedback loops for balance and other vestibular communication. It has been found to help diabetic and stroke patients with balance control.[6] Many biochemical events also lend themselves to stochastic analysis. Gene expression, for example, has a stochastic component through the molecular collisions — as during binding and unbinding of RNA polymerase to agene promoter — via the solution’s Brownian motion. ( continuar a ler)

 

Luz e Circuitos Celulares Genéticos

quinta-feira, março 13th, 2014

Rice synthetic biologists shine light on genetic circuit analysis

– See more at: http://news.rice.edu/2014/03/09/rice-synthetic-biologists-shine-light-on-genetic-circuit-analysis/#sthash.EZmYzDJ5.dpuf

Life is controlled by DNA-based circuits, and these are similar to the circuits found in electronic devices like smartphones and computers,” said Rice bioengineer Jeffrey Tabor, the lead researcher on the project. “A major difference is that electrical engineers measure the signals flowing into and out of electronic circuits as voltage, whereas bioengineers measure genetic circuit signals as genes turning on and off.”

(veja video no link acima.)

Cancer: Entropia do Sistema?

quinta-feira, março 13th, 2014

Observe na figura abaixo dois fluxos correndo em paralelo e isso lembra os dois fluxos do circuito na face esquerda da fórmula da Matrix/DNA. Uma possibilidade é que o fluxo maligno acontece devido quando o fluxo benigno vem da esquerda, ao invés de se tornar F5 e ir para F1, segue adiante indo para F6 e face direita. Se for isso, a figura estaria se referindo a face direita, o que suscita suspeita que entropia esteja envolvida como causa cancerigena.

 

Unfortunately we are unable to provide accessible alternative text for this. If you require assistance to access this image, please contact help@nature.com or the author

(A) Hmga2 acts as a natural microRNA sponge for the let-7 family, which also targets Tgfbr3. An increase in Hmga2 transcript levels and hence ceRNA activity results in a concomitant increase in Tgfbr3 levels. (B) Hmga2 also regulates the expression of five other target genes via ceRNA crosstalk as well as through Tgfbr3/TGF-β-mediated transcriptional control.

Aberrant ceRNA activity drives lung cancer

Cell Research (2014) 24:259–260. doi:10.1038/cr.2014.21; published online 14 February 2014

http://www.nature.com/cr/journal/v24/n3/full/cr201421a.html

E a formula da Matrix/DNA:

E o desenho do circuito do fluxo interno de informação da fórmula da Matrix/DNA na sua versão de sistema perfeito fechado, na forma de diagrama de software

E o desenho do circuito do fluxo interno de informação da fórmula da Matrix/DNA na sua versão de sistema perfeito fechado, na forma de diagrama de software

ATP Sintase: Como a Terra Copiou do Céu esta Extraordinária Engenharia!

sábado, fevereiro 8th, 2014

Um Motor na Célula Explica o Motor Rotacional das Galáxias?

(Versão dêste artigo em Inglês:  http://theuniversalmatrix.com/en-us/articles/The Cellular ATP Motor came from the Galaxies’ Rotational Motor?!)

Expressando sua admiração pela engenharia  apresentada pela Natureza no processo da ATP sintase o bioquímico e Prêmio Nobel  Paul Delos Boyer exclamou:  “Tôdas as enzimas são de uma engenharia maravilhosa, mas ATP sintase é uma das mais belas, como é também das mais importantes.”

Conhecer o complexo motor sintetizador de energia química que existe dentro da mitocondria na célula vital e assistir  um filme com ele funcionando (veja-o em http://vcell.ndsu.nodak.edu/animations/atpgradient/index.htm ) nos deixam boquiabertos! É um verdadeiro micro-motor, construído dentro da célula!

Veja tambem este excelente vídeo:

https://www.youtube.com/watch?v=XI8m6o0gXDY

Mas… construído por quem, ou pelo que?! Como?! De onde a matéria burra da Terra tirou a idéia para desenvolver tecnologia de motores? Se homens com inteligência existiram durante 10.000 anos fazendo fôrça como cavalos sem se despertarem para essa idéia? Estas questões nos atormentavam em nossa infância e bem antes de descobrir-mos a Matriz olhávamos para todo o Universo e seu passado antes da origem da Vida e não víamos em nenhum lugar nada existente parecido com as coisas que víamos na superficie terrestre, nem mesmo que fosse na forma de protótipos muito simples.  Teria a matéria da Terra inventado isto sózinha? Pelo método do “trial and error” onde todas as possibilidades possiveis de resultados emergentes das misturas ao acaso, num belo dia aconteceu a criação, pela primeira vez no Universo?! Ou haveria alguma fôrça paranormal inteligente atuando na matéria terrestre?! Hoje descobrimos que as duas alternativas são meio erradas e meio certas: a Terra produziu isto porem a Terra é muito mais complexa do que pensávamos e, sim, existe uma fôrça de procedência mentalizada atuando no meio da matéria terrestre, porém, não é uma entidade paranormal, mas sim tão natural como nós somos.

Observe a ilustração abaixo, um desenho artístico do Complexo Motor:

ATP Sintase

Claro que o instinto natural não pode construir arquiteturas tão polidas e perfeitas assim, pois a Natureza trabalha com matéria rebelde cujo intento é alcançar o eterno equilíbrio termodinamico e não ficar trabalhando como escrava produzindo energia para crocodilos e humanos existirem. Portanto a Natureza tem que forçar esta matéria a se especializar numa profissão,  trabalhar, e assim permanecer acessível ao desenrolar da Evolução que desenvolve um processo universal de reprodução genética. Veja como é na realidade, montado com moléculas rebeldes, o tal motor:

Estrutura do Complexo do ATP Sintase

Compare as duas figuras e perceba como a Natureza faz algo e o homem artista aplica sua estética ao representa-la num quadro ou num computador. A ATP sintase é o nome genérico dado a proteínas que sintetizam ATP (adenosina trifosfato) a partir de ADP (adenosina bifosfato) e de Pi (fosfato inorgânico), utilizando para isso alguma forma de energia. A sequência da reação, coordenada pela presença do íon magnésio, é a seguinte:

ADP + Pi → ATP

Mas acho que Paul Boyer subiria nas paredes de tanta emoção se tivesse descoberto que no passado, a bilhões de anos antes das origens da Vida e do ATP,  ainda nos tempos da  Evolução Cosmológica, nos céus ocorria o protótipo do mecanismo que viria a evoluir e construir essa engenharia! De fato ficamos estupefatos com a sugestão da Matriz de que êsse processo é uma cópia feita na matéria terrestre de processos astronômicos ocorrendo no espaço sideral!

A Teoria da Matriz faturou mais esta. Nos seus modelos da anatomia de LUCA – The Last Universal Common Ancestral – surge um motor (ver aqui artigo sôbre motor a vapor), e agora descobrimos, igualzinho ao motor da célula! Desde que LUCA é  um ser astronômico e existente muito antes da “Vida” aparecer na Terra, agora respondemos a pergunta acima: “A matéria burra da Terra – como não poderia deixar de ser – não inventou coisa alguma, e a Natureza tambem não criou nada que ela não tinha antes informação para fazê-lo. O motor molecular é simplesmente mais um normal e natural passo evolutivo que acontece dentro dêste enorme processo de reprodução genética que está ocorrendo desde que o Big Bang deflagrou a origem dêste Universo. Reprodução genética de um sistema natural, vivo e auto-consciente, extra-universal, é o que a Matriz está sugerindo.

Pois a forma e a funcionalidade do motor celular é a mesma forma e funcionalidade de um aparato que bombeia e perpetua os building blocks dos sistemas astronomicos. Mas se a matéria da Terra da superfície terrestre não cria nada do nada, ela presta um grande serviço à evolução porque ela aprimora as arquiteturas ancestrais! A Terra se parece com o japonês que diz: “Garantido japonês imita tudo que outros fazem mas japonês faz ainda melhor né? Sayonara!” Seus pais também fizeram o mesmo quando fizeram você e nossa geração também vai imitar o que fizeram, porém tentando fazer nossos filhos melhores do que fomos.

Na dimensão astronômica, a energia que sustenta o crescimento e maturação de um astro  fornecendo  a fôrça para a dinâmica que resulta no ciclo vital dos astros, é elaborada,  numa primeira fase e na infância dos astros, pela Função Sistêmica Universal N.1, através das ferramentas que ela construiu e constituem o nucleo (um quasar envolvendo um buraco negro), e numa segunda fase, na adolêscencia dos astros, pela Função 4, através de sua ferramenta naquela posição a qual é um pulsar emissor de corpos energéticos: os cometas.  Quando LUCA – o proto-sistema astronômico – tentou se reproduzir com a matéria da Terra houve um amalgama das duas funções, resultando na mitocondria para a célula animal. E como na célula vegetal êle têve maior sucesso reprodutivo, ligou às duas funções anteriores mais algumas propriedades da Função N. 6, através de sua ferramenta ali, que é o cloroplasto. De maneira que a produção de energia quimica ATP na célula nada mais é que uma reprodução das reações nucleares que ocorrem dentro de uma estrêla e de um pulsar, as quais produzem a energia estelar tal como a dadivosa energia do Sol que alimenta nossas vidas neste planeta.

Vejamos primeiro o modêlo teórico do que acontece e acontecia já antes das origens da vida no nucleo do proto-sistema astronômico. O desenho abaixo, feito a 30 anos em precárias condições na selva era o resultado do modelo obtido pela projeção das semelhanças e diferenças entre a primeira célula viva completa e o ultimo mais elaborado sistema natural que a Natureza tinha obtido até os momentos antes das origens da Vida, ou seja, a galaxia. Este modelo seria o link evolucionario que está faltando entre a galaxia e a criatura que ela gerou de si mesma.  Óbviamente este modelo não coincide com o modelo teórico acadêmico de uma galaxia, pois trata-se do building block de sistemas astronomicos assim como o DNA é constituido de building blocks denominados nucleotideos.

Sistema-Elo Entre os Sistemas Naturais Não-Vivos e os Sistemas Biológicos

Sistema-Elo Entre os Sistemas Naturais Não-Vivos e os Sistemas Biológicos

Esta é a anatomia interna do criador que paira no céu. Vejamos como essa anatomia foi transmitida com algumas mutações devido ao novo ambiente para a criatura gerada na Terra:

ATP Sintase no Corpo de LUCA

Na primeira figura do lado esquerdo acima temos a região do corpo de LUCA construída e operada pela Função Sistêmica Universal N.1 que é a responsável pelo nascimento dos sistemas naturais (para ver melhor, por favor, clique na imagem. Prometo que assim que tiver tempo farei uma figura melhor). A poeira e o material degradado de uma estrêla morta sob a rotação da galáxia torna-se um vórtice espiral que denominamos “buraco negro”, circundado pelo material que sobra e que é iluminado pela fornalha nuclear, o qual denominamos “horizonte de eventos” ou “quasar”. Dêste complexo são emitidos os bebês astronômicos, os quais em linguagem literal são corpos energizados na forma de esferas incandescentes. Da segunda figura em diante tentamos dar uma idéia de como o motor que produz ATP dentro da mitocondria já tinha sua forma anatômica projetada na Era Astronômica. Impressionante, não? Como uma Função Universal é um artista que dá sempre o mesmo toque e apresenta o mesmo estilo em qualquer obra que cria, seja na Terra, no céu, ou dentro de uma pequenina célula! Assim como um chinês irá sempre construir sua casa com aquêles estilos de teto curvo piramidal, seja na Terra, na Lua, ou nalgum lugar além do Universo.

Mas se tivessemos os recursos técnicos da NASA ou eu fôsse um perito em web designer nossa figura ficaria mais parecida com esta:

Cosmos

– “Espera aí, não tente me enganar! Essa figura aí é sôbre o nascimento, as origens do Universo, não tem nada a ver com as origens de quasares e buracos negros…”

-“Amigo(a), aprenda a raciocinar com a Matriz. Essa figura tem tudo a ver, o denominador comum entre os dois eventos – seja do Universo ou de uma minhoca na Terra – é o significado sistêmico, ou seja, os dois representam “nascimento”: sempre quando vai haver um nascimento ou inicio de reciclagem de um sistema natural, a Função Universal N.1 entra em ação construindo seu corpo onde ela vai encarnar para operar naquêle ponto evolucionário do espaço tempo. Conhecer e entender a Matriz dos Sistemas Naturais e suas sete Funções Universais é a chave para entender tudo o que faz a Natureza, seja aqui na Terra ou nos tempos do Big Bang. Veja por exemplo como a Função N.1 constrói seu corpo numa outra situação, quando gera tornados na Terra:”

Tornado – Diagrama

Bem, vamos ver algumas ilustrações da parafernália existente dentro de uma mitocondria e dos processos envolvidos na produção do ATP. Fonte dos desenhos: http://vcell.ndsu.nodak.edu/animations/home.htm

Mitocondria

A  ATP sintese acontece dentro de uma mitocondria, uma espécie de usina como as bilhões que você tem no seu corpo. (Uau! Você é usineiro e eu não sabia! Além disso você é muito rico sendo o dono de bilhões de usinas produzindo energia química! Quer vender um milhão delas a um dolar cada?)

Complexo da ATP Sintase

Na figura 2 nós vemos o complexo da ATP sintase (aquela espécie de bomba ao lado direito) acompanhada de outros complexos, incutidos na membrana interna da mitocondria. Há mais um trabalho a fazer aqui: aquêles objetos à direita parecem representar o material degradado proveniente de uma estrêla morta (partes da Função N.7), por isso teremos que investigar o que são, como são formados, etc. (Quem se habilita a fazer isso?)

Proton Gradiente

Na figura 3 observe o Gradiente de Proton formado pela elevada concentração de íons de hidrogênio acima da membrana interna da mitocondria e a baixa concentração abaixo da membrana.  As partículas espalhadas em tôrno do motor não te lembram a massa de detritos formando o horizonte de eventos?

ADP e Pi em tôrno do Complexo de ATP

Na figura 4 vemos os outros elementos, ou substratos,  que vão compor o produto final: ADP e Pi. Justamente, estes elementos lembram a massa degradada que fica no fundo do buraco negro esperando os cometas carregados de energia nova para com eles comporem o astro-baby. É algo como os nutrientes que devem ter no líquido amniótico dentro de um óvulo esperando ser fecundado por um espermatozóide.

Proton entrando no Complexo da ATP Síntase

Na figura 5 vemos os primeiros prótons entrando no complexo da ATP Síntase, iniciando a linha de montagem. Aqui temos outro bom exemplo para entender como a Natureza funciona. Os protons são partículas com carga de energia positiva. Êles vem do espaço exterior, passam pela membrana e entram no motor. Esta cena é idêntica à cena onde cometas contendo energia radiante na forma de magmas expelidos pelos super-vulcões do pulsar se aproximam do nucleo, passam pelo horizonte de eventos e entram no buraco negro. Mera coincidência de cenas? Mas tôdas as cenas observadas dentro de uma célula corresponde a cenas observadas no ciclo vital de qualquer astro. Portanto não pode ser mera coincidência. O mais racional é aceitar a lógica da evolução. Isto é importante por que, além dos modêlos teóricos astronômicos nos ajudar a descobrir e entender as causas e mecanismos dos fenômenos naturais aqui na Terra, podemos utilizar os fatos aqui conhecidos para deduzir como são os elementos e os mecanismos dos fenômenos naturais astronômicos que não temos como observar. Por exemplo, diz a Teoria Nebular Acadêmica que “Os núcleos cometários são compostos de gelo, poeira e pequenos fragmentos rochosos.” (Wikipedia). Óbviamente esta afirmação está cientificamente errada, imprópria, pois a Ciência só pode afirmar fatos realmente constatados que podem ser demonstrados. E ninguém nunca viu ou ao menos fotografou o nucleo de um cometa. O texto devia dizer: “Segundo a teoria mais aceita hoje em dia, o nucleo cometário “deve ser”…”. Bem, a Teoria da Matriz já reuniu muitas evidências sugerindo que o nucleo de um cometa recém-formado, novinho em fôlha, é um bólido de magama energético. Acontece que cometas são os espermatozóides do espaço e dentre milhões de espermatozóides apenas alguns alcançam seu alvo final. A grande maioria que se perde no espaço sideral vai ficar vagando até se decompor. Ora, isto em têrmos astronômicos pode demorar milhões de anos. Nêsse meio tempo os cometas inférteis vagam no meio de poeira estelar congelada, a qual pode se agregar à sua superfície. O nucleo chamejante se apaga, magma torna-se rocha, provavelmente férrea, congelando quando se distancia de estrêlas e aquecendo-se quando se aproxima muito delas. Êstes cometas “mortos” batem com a descrição da teoria nebular, mas o desconhecimento da história tôda conduz a teoria tôda a erros crassos. E o pior: o ser humano está dias e noites, anos a fio, observando no microscópio o interior celular, vendo a cena da produção do ATP, mas chega ao absurdo de acreditar que tôda aquela engenharia fantástica é produto do acaso! Mas acho que quem está conduzindo-o ao êrro é a equivocada teoria astronômica, cuja descrição dos astros e suas funções equivocadas jamais vão permitir ao pesquisador descobrir o verdadeiro processo da evolução.

ATP e o Inicio da Rotação

A parte de cima do Complexo Motor da ATP Síntase gira quando cada novo próton entra no complexo. Justamente como calculei qual seria o segrêdo de manter o vórtice buraco negro em rotação no espaço sideral. É visível que o campo eletro-magnético dentro de uma galáxia rotatória faça com que todos os corpos girem também, porém, isto produziria uma velocidade de giro muito lenta, insuficiente para acender a fornalha e misturar os elementos. Restava apenas a alternativa de que quando os cometas energizados adentrem o vórtice imprimam mais uma fôrça rotatória elevando a velocidade de giro do vórtice, pois cometas vem conduzidos pela espiral rotatória da galáxia e em alta velocidade. Assim vamos transplantando os detalhes que vemos aqui na Terra para entender os detalhes do que acontece no céu.

ATP e a Combinação entre protons, ADP e Pi

 

O Complexo Motor gira como um liquidificador para misturar e combinar os ingredientes produzindo como que uma Vitamina!

Depois que a parte de cima do complexo girou três vêzes, os protons são combinados com ADP e Pi na parte de baixo do complexo para formar ATP. Exatamente como no espaço sideral nasce um novo astro!

É preciso entender que quando a Natureza faz um corpo completo dotado de energia e com autonomia de movimentos ela está inserindo um novo elemento energético pré-programado por ela para executar uma missão especifica num meio ambiente. Esta seria uma definição mecanicista para explicar a função por exemplo de cada novo bebê humano na biosfera terrestre. Mais tarde a Natureza vai precisar que êsse corpo receba mais uma carga de energia específica que é para se reproduzir e assim garantir a perpetuação de tôdo processo: por isso quando um bebê humano nasce ele já possui genes pré-programados para atuarem quando o corpo atinge a fase da adolescência e construírem todo o aparato da reprodução sexual. Assim devemos entender o significado da existência do ATP, uma molécula portadora de energia quimica para desempenhar uma missão no meio ambiente químico de uma célula animal.

Mas a Natureza não queria na Terra que essa molécula entrasse na segunda fase recebendo a segunda carga de energia, pois isto seria o mesmo que reproduzir o sistema fechado de LUCA, inibidor da Evolução. Ela conseguiu evitar essa eterna reciclagem na célula animal impedindo que os genes de LUCA relacionados com a segunda carga entrassem no DNA da célula animal. Mas não conseguiu isso com a célula vegetal onde os genes de LUCA construíram os cloroplastos, êstes fizeram a fotossíntese, que é a face química do processo reprodutor e assim fecharam às plantas as portas da Evolução.

A frase acima expressando a admiração de Boyer, se baseia nos fatos de que quase todas atividades celulares (como o metabolismo) que envolvem gasto de energia requerem ATP; a síntese de ATP é a reação química mais ocorrente no mundo biológico; ATP sintase é a mais abundante proteína na terra, tendo preservado mais de 60% de sua configuração da unidade ao longo da evolução; na escala molecular, sómente o flagelo bacteriano, além da ATP sintase, são conhecidos como motores rotatórios.

É incrível a capacidade de previsão da Teoria da Matriz. Juro que a 20 ou 30 anos atrás nada sabia do motor na célula, apenas sabia que na mitocondria era produzida energia ATP. Quem, não sendo bioquimico, se lembra daquelas aulas no primário? Naquela época no meio da selva sem ter consciência disso, sem jamais pensar em ATP, riscando papeis sobre joelhos na selva, a Matriz me conduziu a desenhar o motor, porém, flutuando no espaço sideral. Lá na selva a 30 anos atrás eu nem sonhava que existiria Internet, através da qual só vim a ver este motor celular pela primeira vez a 3 dias atrás naquele belíssimo filme que pode ser visto no link dado acima. Mas a teoria já havia pré-anunciado que existe uma arquitetura assim na Natureza!

(O tema ATP Sintase deve ser investigado em relação aos outros complexos para desenvolver este estudo)

FIM

Como é que a primeira célula se multiplicou? Pesquisar isto para resolver como os sistemas astronomicos se multiplicam.

terça-feira, fevereiro 4th, 2014

Como é que a primeira célula se multiplicou? Pesquisar isto para resolver como os sistemas astronomicos se multiplicam.

Considerar isto:

1) The first stage of life stars similar to the Sun-it is dominated by the reaction of the hydrogen cycle. Temperature goes star is determined by its mass and degree of gravitational contraction, which is opposed mainly by light pressure. The star forms a relatively stable oscillating system, its periodic weak compression and expansion are stellar cycles. the hydrogen burn-out in the center of the star, the helium core cools down, and the area of synthesis reaction moves to the peripherals. the star of “swells”, absorbing the planet of its system, and cools down, becoming a red giant. Further compression of the helium nucleus raises its temperature before ignition of the reactions of the helium loop. The hydrogen shell gradually dissipates, forming stellar Nebula, and heavily compressed kernel is heated to high temperatures, the illumination of blue-white light (“white dwarf“). as the fuel burn-out star fades away, turning into a sustainable “black dwarf” is a typical outcome of the evolution of most of the stars with a mass of the Sun.

2) As a rule, the Galaxy has two spiral branches originating in opposite locations, developing similar symmetrical way and lost in opposite areas of the periphery of the Galaxy.

Quimica e Biologia: Informacoes Sobre Pratica Atual

quarta-feira, janeiro 15th, 2014

The Significance of the 2013 Nobel Prize in Chemistry and the Challenges Ahead

http://www.ploscompbiol.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pcbi.1003423

by     Ruth Nussinov  -Published: January 02, 2014 – DOI: 10.1371/journal.pcbi.1003423

(copiado texto para pesquisa e atualizacao da Matrix/DNA – os grifos sao itens a pesquisar)

Last week, the 2013 Nobel Prize in Chemistry was awarded to Martin Karplus, Michael Levitt, and Arieh Warshal for “the development of multiscale models for complex chemical systems”. As the Royal Swedish Academy of Sciences noted, “Chemists used to create models of molecules using plastic balls and sticks. Today, the modelling is carried out in computers. In the 1970s, Martin Karplus, Michael Levitt and Arieh Warshel laid the foundation for the powerful programs that are used to understand and predict chemical processes. Computer models mirroring real life have become crucial for most advances made in chemistry today.” Furthermore, “Today the computer is just as important a tool for chemists as the test tube. Simulations are so realistic that they predict the outcome of traditional experiments.” [1]

This event is a milestone for the broad community that PLOS Computational Biology represents. Along with Philip E. Bourne, the Founding Editor-in-Chief, and our Editorial Board, which proudly lists Michael Levitt among its members, I extend the warmest congratulations to the winners. Beyond the specific, personal scientific achievements that have already been widely discussed, we must consider the more general and broader context of this unique prize. Here, I would like to present this Nobel Prize within this framework, emphasizing its magnitude and far-reaching implications not only for computational biology, but for the biological community at large.

In recent decades, molecular biology has progressed by leaps and bounds. Huge technological advances have taken place in sequencing; in mapping structure and dynamics via electron microscopy (EM), X-ray, and nuclear magnetic resonance (NMR); in manipulating imaging of nuclei and cells; in sequencing single biomolecules; and more. These have led to fundamental new insights; biology and medicine have soared to new heights with the DNA double helix providing the molecular basis for genetics and Darwinism. Many steps were required to identify and untangle DNA-RNA-protein sequence-structure-function and reverse transcription processes; RNA enzymes; the importance of key multi-partnered scaffolding molecules under normal physiological conditions and in disease; their structures, mutations, and the principles and mechanisms of their dynamic regulation; and other landmark developments. These involved technological breakthroughs and greater understanding of the specific mechanisms involved. Most of the Nobel prizes in chemistry and medicine in recent years have been awarded at these junctures.

Vast amounts of information on sequences and structures are yet to be explained and pose a challenge for computational biology. Recently, this has been compounded by interdisciplinary studies of the nervous system, posing questions such as how it is structured, how it develops, how it works, the mechanisms of signal processing, and more, all at multiple levels, ranging from the molecular and cellular levels to the systems and cognitive levels. Thus, even if we gain in-depth insight into static properties such as the genomic data and structural snapshots of proteins (DNA and RNA) at different levels of resolution, the truly monumental challenge of understanding their dynamics still looms ahead. And eventually, it is the dynamics of molecules that provides the basis for cells, tissues, and organisms’ development and work.

The systems in question operate at all scales: force fields and free energy landscapes relevant for protein folding and function, large complexes, biomolecular recognition involving proteins, DNA, RNA, lipids, post-translational (and DNA) modifications, and interactions with small molecules. On a larger scale we see cellular locomotion, cell division and trafficking, and cell-cell recognition. Furthermore, beyond these lurks the working of the complex cell as a cohesive unit: the cellular network controls metabolism and regulation, intra- and inter-cellular signaling, and the neural circuits of nerve cells, where the activity of one cell directly influences many others. All are dynamic, all change with the cellular environment, and all present a daunting challenge. The relevant timescales range from femtosecond for simple chemical reactions to the eons of evolution; however, all operate with the same underlying physical principles of conformational variability and selection.

At each timescale and corresponding physical size we strive to identify the relevant moving parts and degrees of freedom and to formulate effective—though often approximate—rules for their mutual interactions and resulting motion. Solving, understanding, and computing the dynamic behavior at any given scale is of great interest in its own right and provides approximate dynamical input for the next scale, which is one rung above it. Only at the lowest, most basic scale of individual atoms and electrons are the dynamical rules (electrostatics and Schrödinger’s equation) completely well defined. And the all-important work cited by the Nobel Prize Committee and which is carried out by our community is roughly at the first/second level, making it of fundamental importance.

This Nobel Prize is the first given to work in computational biology, indicating that the field has matured and is on a par with experimental biology. It may also be the very first prize given in any area of the exact sciences for calculations. What is different in the present case? I believe that the answer is simple: the present calculations are of much greater interest to a much broader community. In endeavoring to imitate the basic processes of life in silico, great strides are being made toward understanding the secret of life. Computational biology, and simulations, for which Martin Karplus, Michael Levitt, and Arieh Warshal shared the Nobel Prize, can carry the torch leading the sciences to decipher the elemental processes and help alleviate human suffering.

What are the challenges ahead? Are simulations with timescales of microseconds, milliseconds, or beyond, under the current force field framework, capable of producing results in agreement with experiments also for large and complex proteins like membrane receptors? Do the challenges also lie in the type of questions which are asked, for which such long timescale simulations can be useful in providing answers? Or is it the biology behind the questions that is also the key? Ultimately, as in experimental biology which also exploits methods and machines, it is likely to be all of the above. Computations are our treasured tool; they are not our aim. Merely running long molecular dynamics trajectories is unlikely to advance science.

PLOS Computational Biology joins the International Society of Computational Biology (ISCB) and our computational biology community in congratulating the awardees and celebrating this momentous event.

 

Base de Dados do “Human Microbiome Project”

quarta-feira, janeiro 8th, 2014

Human Microbiome Project (HMP) Telebriefing Resources

http://www.genome.gov/27549115

HMP logo

Researchers found, for example, that nearly everyone routinely carries pathogens, microorganisms known to cause illnesses. In healthy individuals, however, pathogens cause no disease; they simply coexist with their host and the rest of the human microbiome, the collection of all microorganisms living in the human body. Researchers must now figure out why some pathogens turn deadly and under what conditions, likely revising current concepts of how microorganisms cause disease.