Posts com Tags ‘Química’

Origens da Vida: Jack Szostak Lab – Evolução da Quimica Prébiotica à Biologia

sábado, abril | 4 | 2015

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( Muitas animações e PDF’s sobre prebiotica, protocelulas, origens da vida, no website abaixo do Jack Szostak Lab )

 Jack  Szostak , winning the 2009 Nobel Prize in Physiology or Medicine. Pesquisador  da Origem da Vida

http://molbio.mgh.harvard.edu/szostakweb/


Jack Szostak Lab – We are interested in the chemical and physical processes that facilitated the transition from chemical evolution to biological evolution on the early earth. As a way of exploring these processes, our laboratory is trying to build a synthetic cellular system that undergoes Darwinian evolution. Our view of what such a chemical system would look like centers on a model of a primitive cell, or protocell, that consists of two main components: a self-replicating genetic polymer and a self-replicating membrane boundary. The job of the genetic polymer is to carry information in a way that allows for both replication and variation, so that new sequences that encode useful functions can be inherited and can further evolve. The role of the protocell membrane is to keep these informational polymers localized, so that the functions they encode lead to an advantage in terms of their own replication or survival. Such a system should, given time and the right environment, begin to evolve in a Darwinian fashion, potentially leading to the spontaneous emergence of genomically encoded catalysts and structural molecules.

We hope that our explorations of the chemistry and physics behind the emergence of Darwinian evolution will lead to explanations for some of the universal properties of modern cells, as well as explanations of how modern cells arose from their simpler ancestors. As we explore these fundamental questions we are also on the lookout for chemical or physical phenomena that might have practical utility in biomedical research.

Quimica: E-book e Website a Pesquisar

quinta-feira, dezembro | 11 | 2014

ChemWiki: The Dynamic Chemistry E-textbook

http://chemwiki.ucdavis.edu/

Quimica e Biologia: Informacoes Sobre Pratica Atual

quarta-feira, janeiro | 15 | 2014

The Significance of the 2013 Nobel Prize in Chemistry and the Challenges Ahead

http://www.ploscompbiol.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pcbi.1003423

by     Ruth Nussinov  -Published: January 02, 2014 – DOI: 10.1371/journal.pcbi.1003423

(copiado texto para pesquisa e atualizacao da Matrix/DNA – os grifos sao itens a pesquisar)

Last week, the 2013 Nobel Prize in Chemistry was awarded to Martin Karplus, Michael Levitt, and Arieh Warshal for “the development of multiscale models for complex chemical systems”. As the Royal Swedish Academy of Sciences noted, “Chemists used to create models of molecules using plastic balls and sticks. Today, the modelling is carried out in computers. In the 1970s, Martin Karplus, Michael Levitt and Arieh Warshel laid the foundation for the powerful programs that are used to understand and predict chemical processes. Computer models mirroring real life have become crucial for most advances made in chemistry today.” Furthermore, “Today the computer is just as important a tool for chemists as the test tube. Simulations are so realistic that they predict the outcome of traditional experiments.” [1]

This event is a milestone for the broad community that PLOS Computational Biology represents. Along with Philip E. Bourne, the Founding Editor-in-Chief, and our Editorial Board, which proudly lists Michael Levitt among its members, I extend the warmest congratulations to the winners. Beyond the specific, personal scientific achievements that have already been widely discussed, we must consider the more general and broader context of this unique prize. Here, I would like to present this Nobel Prize within this framework, emphasizing its magnitude and far-reaching implications not only for computational biology, but for the biological community at large.

In recent decades, molecular biology has progressed by leaps and bounds. Huge technological advances have taken place in sequencing; in mapping structure and dynamics via electron microscopy (EM), X-ray, and nuclear magnetic resonance (NMR); in manipulating imaging of nuclei and cells; in sequencing single biomolecules; and more. These have led to fundamental new insights; biology and medicine have soared to new heights with the DNA double helix providing the molecular basis for genetics and Darwinism. Many steps were required to identify and untangle DNA-RNA-protein sequence-structure-function and reverse transcription processes; RNA enzymes; the importance of key multi-partnered scaffolding molecules under normal physiological conditions and in disease; their structures, mutations, and the principles and mechanisms of their dynamic regulation; and other landmark developments. These involved technological breakthroughs and greater understanding of the specific mechanisms involved. Most of the Nobel prizes in chemistry and medicine in recent years have been awarded at these junctures.

Vast amounts of information on sequences and structures are yet to be explained and pose a challenge for computational biology. Recently, this has been compounded by interdisciplinary studies of the nervous system, posing questions such as how it is structured, how it develops, how it works, the mechanisms of signal processing, and more, all at multiple levels, ranging from the molecular and cellular levels to the systems and cognitive levels. Thus, even if we gain in-depth insight into static properties such as the genomic data and structural snapshots of proteins (DNA and RNA) at different levels of resolution, the truly monumental challenge of understanding their dynamics still looms ahead. And eventually, it is the dynamics of molecules that provides the basis for cells, tissues, and organisms’ development and work.

The systems in question operate at all scales: force fields and free energy landscapes relevant for protein folding and function, large complexes, biomolecular recognition involving proteins, DNA, RNA, lipids, post-translational (and DNA) modifications, and interactions with small molecules. On a larger scale we see cellular locomotion, cell division and trafficking, and cell-cell recognition. Furthermore, beyond these lurks the working of the complex cell as a cohesive unit: the cellular network controls metabolism and regulation, intra- and inter-cellular signaling, and the neural circuits of nerve cells, where the activity of one cell directly influences many others. All are dynamic, all change with the cellular environment, and all present a daunting challenge. The relevant timescales range from femtosecond for simple chemical reactions to the eons of evolution; however, all operate with the same underlying physical principles of conformational variability and selection.

At each timescale and corresponding physical size we strive to identify the relevant moving parts and degrees of freedom and to formulate effective—though often approximate—rules for their mutual interactions and resulting motion. Solving, understanding, and computing the dynamic behavior at any given scale is of great interest in its own right and provides approximate dynamical input for the next scale, which is one rung above it. Only at the lowest, most basic scale of individual atoms and electrons are the dynamical rules (electrostatics and Schrödinger’s equation) completely well defined. And the all-important work cited by the Nobel Prize Committee and which is carried out by our community is roughly at the first/second level, making it of fundamental importance.

This Nobel Prize is the first given to work in computational biology, indicating that the field has matured and is on a par with experimental biology. It may also be the very first prize given in any area of the exact sciences for calculations. What is different in the present case? I believe that the answer is simple: the present calculations are of much greater interest to a much broader community. In endeavoring to imitate the basic processes of life in silico, great strides are being made toward understanding the secret of life. Computational biology, and simulations, for which Martin Karplus, Michael Levitt, and Arieh Warshal shared the Nobel Prize, can carry the torch leading the sciences to decipher the elemental processes and help alleviate human suffering.

What are the challenges ahead? Are simulations with timescales of microseconds, milliseconds, or beyond, under the current force field framework, capable of producing results in agreement with experiments also for large and complex proteins like membrane receptors? Do the challenges also lie in the type of questions which are asked, for which such long timescale simulations can be useful in providing answers? Or is it the biology behind the questions that is also the key? Ultimately, as in experimental biology which also exploits methods and machines, it is likely to be all of the above. Computations are our treasured tool; they are not our aim. Merely running long molecular dynamics trajectories is unlikely to advance science.

PLOS Computational Biology joins the International Society of Computational Biology (ISCB) and our computational biology community in congratulating the awardees and celebrating this momentous event.

 

Colloidal Suspensions: Principios na Formaçao dos Sistemas Terrestres, Frequencias da Luz, etc., a Pesquisar

quinta-feira, dezembro | 19 | 2013

Na formação de processos e sistemas na Terra, vieram os princípios, forças e elementos ancestrais. Tendo ou não os fótons da Matrix, preciso entender esta evolução.

Colloidal suspensions of microspheres in a liquid may not be simple systems

Colloidal suspensions of microspheres in a liquid may not be simple systems

The static structure factor of the microsphere suspension (left panel) and the effective inverse diffusion constant of microspheres (right panel) show similar dependency on scattering vector, which suggests that the lowest free-energy configuration in the static case also has a long lifetime.

Read more at: http://phys.org/news/2013-12-colloidal-suspensions-microspheres-liquid-simple.html#jCp

Itens: Brownian Motion, polystyrene,

Importantes textos:

Colloidal suspensions and the related gels (solid colloidal systems) are of interest because many of them have fundamentally useful properties. Natural systems such as milk, the interior of cells, even atmospheric fog are colloidal systems. Synthetic colloids exist in coatings, cosmetics, and elsewhere.Understanding colloids could lead to a deeper understanding of complex soft matter, with implications for new or improved materials and polymer science, but we have only an incomplete picture of the structure and dynamics of colloidal suspensions.(Etc…)

Working with high-brightness x-rays from the U.S. Department of Energy Office of Science’s Advanced Photon Source (APS) at Argonne, the research team used the new synchrotron x-ray technique called ultra-small-angle x-ray scattering (USAXS)–x-ray photon correlation spectroscopy (XPCS) to help them see through colloidal systems in order to reveal inner secrets. This new technique, implemented on the dedicated USAXS beamline (initially the X-ray Science Division 32-ID beamline, and later the ChemMatCARS 15-ID beamline) at the APS, overcomes the problem of attempting to use light to study such opaque systems because the wavelengths of x-rays are so much shorter than that of visible light and so can resolve details of the  involved and their behavior on concomitantly shorter length scales.

Rather than the apparently simple Brownian motion taking place in this , it seems that the microspheres move collectively, whereby buffeted particles pull along their neighbors. Such behavior implies that, compared with expectations, the suspended particles spend much longer times in close proximity without touching. Potentially, this behavior could be exploited in cases where suspended particles serve as centers for chemical reactions.

Os princípios do fenômeno sexual no nível da química cerebral, explicados pela Matrix/DNA

quinta-feira, dezembro | 5 | 2013
Macho& Femea no Nivel Químico

Macho& Femea no Nivel Químico

Esta formula acima penso ser a união entre dopamina e serotonina, hormônios que nos dão a sensação de prazer e felicidade. Mas por trás dessa formula existem segredos são profundos que nossa vã filosofia jamais poderia ter imaginado, apenas descoberto agora quando temos conhecimento da formula da Matrix/DNA. Esse negocio de homem, mulher, e fenômeno sexual não foi inventado aqui na Terra por essa sua matéria simples e não-inteligente, pois suas origens remontam a princípios e mecanismos naturais que surgiram a 13,7 bilhões de anos atras, junto com as origens deste Universo perceptível aos nossos simples cinco sentidos. Quando descobri a formula da Matrix/DNA que a Natureza na sua grandeza universal tem aplicado para transformar a matéria inerte em sistemas naturais e imprimir a dinâmica do ciclo vital que anima e da “Vida” a matéria, passei a tentar entender a Evolução desde as origens do Universo e fui encontrar que o primeiro ato sexual no Universo aconteceu logo apos o Big Bang, quando dois vórtices quânticos, um girando para a direita e o outro girando para a esquerda, se juntaram num só, formando a primeira partícula material (um quark) e produziram um novo filhote, a sua imagem e semelhança. Ora, analisando este evento e seu processo percebemos que isso acontece hoje, aqui e agora entre nos. É o mesmo evento quando se unem um homem e uma mulher produzindo um baby. Então a conclusão é obvia: a primeira forma dos sexos foi a direção de rotação dos vórtices e sua primeira união foi um evento primitivo que mais tarde, nos seres vivos, evoluiu para o fenômeno sexual.

As origens deste fenômeno a que denominamos “orgasmo” tem uma importância e um significado tao profundo que nos parece estar-mos tocando nos segredos mais íntimos da Criação e de Deus, quando o desvendamos. No principio, era o caos, logo apos o Big Bang, porque os vórtices quânticos (que foram as primeiras formas dos genes de hoje) surgiam e desapareciam imediatamente sem conseguirem se firmarem e assim dar inicio a este Universo material. desenhavam trajetórias no espaço como estrelas cadentes e se entrechocavam, gerando um estado de caos e aquecendo o espaço onde hoje esta o Universo. Mas com a expansão o espaço se esfriou, a velocidade das trajetórias foi caindo ate o ponto em que um vórtice a esquerda se juntou lado a lado com um vórtice girando a direita e se uniram. Este foi realmente o primeiro momento da matéria, do Universo a nos perceptível, pois juntos os dois conseguiram se fixarem e terem existência confirmada. Este momento representou a vida, a salvação dos genes primitivos, portanto, o equilíbrio de energia termo-dinâmico que conseguiram lhes deram grande sensação de vitoria e estabilidade. Foi um momento de celebração, de comemoração, e ate hoje esta celebração ecoa pelo Universo toda vez que um macho e uma fêmea são enlevados pelo amos e consagram-no com vitoria. Isto é “orgasmo”. Parece mais a celebração não de simples indivíduos, mas da especie humana inteira, pois assim ela se afirma e se perpetua. Claro, trata-se da minha teoria, extraída da formula e da Historia Universal sugerida quando leio e interpreto os mapas e modelos da teoria que denominei “Matrix/DNA”. Pode ser que esteja errada, mas a meu ver ela faz enorme sentido, todo o sentido do mundo que satisfaz a minha exigência de racionalidade.

Ja detectei e expliquei este processo “sexual” em outros artigos, passando evolutivamente no nível dos sistemas astronômicos, nas interações entre astros nas galaxias primordiais, mas para chegar aos seres vivos, essa evolução teve que passar antes pelo nível da química, quando os sistemas dito ( erroneamente) “inanimados”, eram transformados na abiogênese para sistemas biológicos, ditos “animados”. Então onde estavam na era da química na Terra aqueles processos sexuais que vieram do Big Bang? Ja o encontrei no “acasalamento” entre dois nucleotídeos formando o DNA e em vários outros eventos na química orgânica e inorgânica, e hoje, ao bater o olho nesta curiosa tatuagem, encontrei-o também na química interna do cérebro. Essa tatuagem foi postada no Facebook com este link e suscita a questão do porque ela esta por trás das sensações de prazer e bem-estar que sentimos. mas estou aqui registrando isso porque assim que tiver tempo vou pesquisar todos os detalhes dessa formula, sei que aprenderei coisa nova através dela, tendo a formula da Matrix/DNA como luz iluminadora. E a seguir o post que deixei nos comentários:

This is a female&male marriage at chemical level, the primitive ancestors of humans. The group at the top (with NH) is the female and the bottom group (with HO) is the male. The female code contains 100% of informations (50% female and 50% male), then, the two rings, but the female ring is dominant. This situation is transmitted to X chromosome. The male code contains as dominant only 50% of the code, them, the Y chromosome. If you see the Matrix/DNA formula for natural systems, you will understand it.

Tabela Periódica: Os Atomos Foram Criados Pelas Estrelas Sob as Leis do Ciclo Vital – Uma Descoberta na Selva Amazonica!

terça-feira, junho | 4 | 2013

Tabela Periódica dos Elementos Químicos

O mesmo mecanismo que fêz seu corpo mudar da forma de bebê para criança e depois para adulto fêz também o átomo mudar da forma de magnésio para a forma do alumínio e depois para silício… O mecanismo chama-se Ciclo Vital. Se você não ver isso na Tabela Periódica dos Elementos Químicos você nunca vai compreender os maravilhosos mistérios ocultos nela. E se você realmente ama seus descendentes e as nossas próximas gerações, quer deixar para eles uma vida mais digna e melhor que a que tivemos, você procurara uma maneira de fazer o que não posso fazer, tentar tornar isso conhecido por todos que lidam com Ciências e Tecnologia, porque a tecnologia de hoje esta fugindo dos objetivos humanos porque a tecnologia se tornou fria porque ela apenas tem detectado mecanismos e processos nos níveis estáticos sem vida da Natureza, e esta exuberância de Vida que descubro agora por trás da Tabela Periódica tendera a retornar a Ciência para o controle humano e assim produzir uma tecnologia viva realmente adaptada para a melhoria da vida humana.

Mas o que é Ciclo Vital e como ele apareceu no Universo? Ciclo Vital é o fenômeno que um corpo material apresenta ao transformar-se em novas formas por si próprio, obedecendo sempre a sequencia do nascimento, crescimento, maturação, degeneração e morte. Os ciclos Vitais são os produtos manifestados materialmente pela ação das ondas de LUZ naturais que foram ou continuam sendo emitidas pelo evento do Big Bang e subjazem toda a matéria do Universo como um infinito oceano movente com marés  que vão e vem. As ondas de LUZ se ampliam no espaço/tempo transformando suas intensidades de vibrações, apresentando sete principais diferentes tipos de vibrações, e ao penetrarem a matéria ou suportarem-na, transmitem estas vibrações a matéria fazendo-as se transformarem nas formas dos ciclos vitais. E todos os produtos, os efeitos, destes corpos materiais, como consequência de estarem sob as regras dos ciclos vitais, os quais estão sob as regras das ondas de luz, apresentam finalmente a mesma vibração que o corpo tinha quando os produziu, e esta especifica vibração é que lhes dão as suas especificas formas e funções neste mundo. Uma criança tem forma e comportamentos diferentes de um adulto, porque são diferentes períodos do ciclo vital, diferentes intensidades de energia e suas vibrações. E por isso também um átomo de carbono tem diferente estrutura e funções das que tem um átomo de oxigênio, eles foram criados em tempos diferentes das vidas das estrelas. Eu juro que vou provar esta teoria mesmo que seja duzentos anos depois de morto, pelas mãos de algum estudante mais dedicado e curioso que estará rebuscando na Internet todas as publicações relacionadas aos elementos químicos, porque não vejo outra alternativa mais logica que essa para explicar porque a Natureza fez as coisas como estão ai a nossa frente hoje.

Esta foi uma importante descoberta  Mas como e porque a formação dos átomos, que não parecem sistemas vivos, foi dirigida pelo ciclo vital?!

Todo mundo se lembra daquela tabela da qual tanto o professor falou e explicou. Mas até ontem ninguém havia percebido um detalhe fundamental que estava oculto naquela tabela como uma mensagem da Natureza querendo se fazer conhecer para que a Humanidade aprenda o que ela é, aprendendo assim  como viver em sintonia com ela, como acompanha-la em seu ritmo de Evolução  e viver com sabedoria.

Em 1869, um químico russo, Dimitri Mendeleiev, um cara que parecia ter uma antena na cabeça sempre ligada a captar os sinais do mundo, descobriu  que existe um padrão de propriedades dos átomos ( por isso eu, na selva amazônica, botei uma antena de TV na cabeça e saí andando pela selva para ver se captava alguns dêsses sinais e assim descobri o fantasma-software da Matriz/DNA). Para explicar o que Mendeleiev descobriu vamos tentar uma analogia:

Imagine que extraterrestres de um planeta distante consigam ver vultos  na Terra (os quais seriam nós, os humanos), sem enxerga-los muito bem. Assim ficam sabendo que existem tais vultos, da mesma maneira que sabemos existirem os átomos na matéria sem poder vê-los. Tentando entender como são e o que são tais vultos os ets. observam nossos movimentos, calculam com aparelhos de raio-X  nossos pêsos, volume, etc., como o turco da loja tenta enxergar quanto dinheiro você tem no bolso.  Nessa altura sabem que existem vultos com comportamentos específicos diferentes dos demais (chineses andam de bicicleta enquanto índios do Amazonas andam de Cadillac… oh… quer dizer, europeus se movem em automóveis, e o Louis Morelli na selva querendo ser rápido e o primeiro a descobrir as coisas anda nas costas de sua velha amiga tartaruga, a Anastácia, etc.). Japoneses brigam praticando judô, Americanos brigam praticando boxe, baianos brigam com acapoeira e Louis na selva briga com onças dando mordidas no rabo delas. Cada um se sai como pode, cada qual tem um comportamento diferente. Mas como os ets. não conseguem ver mais que vultos, não descobriram ainda que alguns humanos são brancos, outros prêtos, outros amarelos. Pior ainda quando chegarem na Arábia com aquelas mulheres de véu e roupas tampando tudo… Serão brancas? Amarelas? Côr de rosa? Até no outro dia aconteceu um caso engraçado. Os ets. conseguiram emitir uma radiação que cria pequemos tornados aqui e com isso um rodamoinho levantou a saia de uma muçulmana uns dez centímetros e viram algo azul (eram  os sapatos), pensaram que ela tôda fôsse azul e  assim catalogaram a espécie dos azuís. O relatório deles está todo errado, mas vamos lá…

Assim estavam os químicos na época de Mendeleiev em relação aos átomos. As medidas de pêso, volume, já tinham dado algo como a chamada massa atômica, e assim foram separando átomos iguais, dizendo: “Êsse átomo tem massa atômica 1,vai se chamar Hidrogênio, êste outro tem massa 7, vai se chamar spaghetti, ou melhor, Lítio… e por aí afora catalogaram os cêrca de 60 tipos de átomos diferentes conhecidos na época.

MasMendeleiev era curioso demais, sua antena estava sempre vibrando, êle queria ser o primeiro a descobrir mais segrêdos dos átomos. Êle agia como um et. mais curioso chamado Tipomov que lá do seu planeta tentava produzir um vento que destelhasse uma casa e êle pudesse ver como os vultos se comportam dentro das casas ( Hoje êle já conseguiu isso e agora está tentando remover cobertores de camas para ver como humanos se comportam debaixo de “las cubiertas, quando o cara diz assim: que bonito ojos tienes… cuidado!)

Mas os químicos humanos também são assim, tentando penetrar nas cavernas atômicas para ver como as partículas se comportam.

Foi então que Mendeleiev descobriu uma coisa interessantíssima, muito curiosa mesmo. É como se os ets. – observando o comportamento das trocas economicas entre dois americanos - decidissem chamar êsse comportamento de “capitalista”; observando dois chineses viram que tinham outra maneira de fazer suas trocas e chamaram a isso de “comunistas”. Os árabes produziam um tipo de vibração mental se ajoelhando, abanando os braços, enquanto dois brasileiros produziam a mesma vibração em pé e fazendo sinais da cruz com as mãos. Chamaram os dois primeiros de muçulmanos e os outros dois de católicos ( a coincidência de porem nomes iguais aos que pusemos é explicada racionalmente porque muçulmanos tem cara de muçulmanos, ora essa!). Assim, sem poderem adivinhar o que iam descobrir mais tarde, estavam a caminho de descobrir que os vultos na Terra se dividem em mais ou menos sete ou oito raças diferentes, desde esquimós a botucudos africanos.

Mas aí, quando pegaram mais grupos para estudar, foram notando que os novos grupos repetiam a mesma característica de algums dos grupos já observados. Sempre quando apontavam o telescópio para o sul do planeta viam argentinos comendo tortillas, apontando para leste viam vietnamitas comendo grilo assado e formigas no espêto. Ora isso os fêz perceber que as diferenças eram como um ciclo localizado, estavam quase descobrindo a divisão entre continentes, nações e até mesmo entre raças.

Pois Mendeleiev tentava fazer uma tabela com os elementos químicos para facilitar a vida dos pesquisadores e têve a idéia óbvia de por os átomos em filas horizontais começando pelos de menor massa atômica e seguir assim, suscessivamente. Mas numa bela madrugada, lutando com sua tabela, êle notou que o lítio, de massa 7,  tinha as mesmas propriedades que o sódio, de massa 23.  E depois os dois – lítio e sódio - tinham as mesmas propriedades, os mesmos comportamentos, como o ponto de ebulição (quer dizer, quanta pinga um átomo toma para ficar bebado com a mente voando nas nuvens ), o ponto de fusão ( quer dizer, qual o comprimento da mini-saia que uma átomo feminina  usa para conseguir se fundir com um átomo masculino), que o átomo de potássio, K 39!  Assim êle estava como os ets., perto de descobrir que a Humanidade é dividida em raças de amarelos, prêtos, brancos, e os azuís com roupas tampando tudo.

Mas a seguir Mendeleiev parece que se engasgou, caiu da cadeira a tossir e acordou seu cão, Petrobovisky, que acorreu a vir acudir o dono. Mendeleiev disse para Petrobovisky não se preocupar, êle não estava engasgado, acontece que êle acabara de fazer uma nova grande descoberta científica! É o seguinte:

Êle notou que entre o Lítio, n.7, e o Sódio, n.23, haviam apenas sete outros elementos na linha horizontal. Tinha o berilio, n.9, o boro, n.11, depois vinha aquêle gordinho sorridente e sociável que fazia amizade com todo mundo e por isso ajuntou átomos para criar a Vida, que é o Carbono, n.12. E depois o nitrogênio, n. 16, e por fim, o flúor, n.19.  Quando chegava no flúor, o próximo numero, 23, do sódio, não tinha propriedades iguais a nenhum dos seis anteriores. Até aí tudo bem, êle já sabia que os elementos tem propriedades diferentes uns dos outros. Mas quando chegou no sódio…

O sódio tinha as mesmas propriedades do lítio. Tudo igual! Mas não era o mesmo átomo, pois êste tinha massa atômica n.7, e o sódio, 23. Como pode?!

Mas a surprêsa não parou aí. Quando êle foi por o próximo número na tabela, que era o magnésio, 24, notou que êste tinha as mesmíssimas propriedades do… de quem? Do berilio, aquêle safado (na minha escola tinha um tal de Berilo que cantou minha namorada!). Mas justamente o berilio era o segundo da fila. Mendeleiev correu a pegar o próximo, que era o Alumínio, n. 27, e deu uma espiada em suas propriedades. Aí quando viu o que viu, Mendeleiev não aguentou mais e deu uma mordida no rabo de Petrobovisky,como sempre fazia quando descobria uma grande descoberta. O alumínio tinha as mesmíssimas propriedades do… boro, justamente o seguinte do berilio. E assim foi acontecendo com os novos que ía pondo na tabela: silício, fósforo, enxôfre… todos repetiam propriedades dos outros na mesma sequência…

Era como se os ets., que já tinham observado que um vulto localizado na região que chamamos Alemanha anda de automóvel igual a outro vulto na região da Inglaterra tambem anda de automóvel e ia pondo alemães e ingleses no mesmo caminhão, enquanto em outro caminhão ía pondo chineses de bicicleta com coreanos de bicicleta e assim… iam cada vez chegando na descoberta que num caminhão tem a raça dos brancos de olhos verdes, no outro tem os amarelos de olhos apertados, etc.

A grande descoberta de Mendeleiev foi a de que entre os átomos existe um padrão: as propriedades químicas dos átomos, ou elementos quimicos, se repetem… periódicamente. A cada seis diferentes numeros atômicos, termina as diferenças entre eles e os próximos repetem tudo dos anteriores. Está entendendo agora de onde vem o nome “Tabela Periódica”? É como os dias da semana, você sabe que depois da segunda-feira vem a terça-feira porque vai repetir a sequência da semana passada… ( isso por enquanto, pois do jeito que o planeta está ficando maluco, doidão, ninguem sabe se êle não vai começar a trocar as bolas, pondo a sexta-feira depois do domingo… o que seria muito bom pois aí já chegaria o s’sabado e assim trabalhariamos só um dia por semana… iac!).

Mas a química parou aí, desde 1869 até hoje, parece que não surgiu nenhum outro Mendeleiev com antena e um cão chamado Petrobovisky para continuar a ter o rabo mordido tôda vez que nôvo segrêdo é desvelado. Pois essa descoberta nos leva a uma outra grande pergunta:

- “Porque a Natureza criou os átomos desta maneira, nesta sequência periódica?!”

Foi preciso nascer um fã do Mendeleiev na selva amazônica, tão deslumbrado com o gênio do cara que tentou imitá-lo pondo uma antena de TV na cabeça,  e como não tem cachorro na selva, adotou a tartaruga Anastácia. Mas Louis é um Mendeleiev frustrado por que nunca conseguiu dar uma mordida no seu bicho de estimação como fazia Mendeleiev; quando êle vai morder o que está fora da casca de Anastácia, que é a sua cabeça… ela recolhe a cabeça para dentro!

A verdade é que Louis se fêz essa grande pergunta e saiu antena vibrando mata afora procurando a resposta. Êle andou prá burro, não achou nada e quando voltou para a cabana, a resposta estava em cima da sua mesa. Era o mapa como desenho da Matriz/DNA, no seu aspecto de sistema fechado em si mesmo.

Enquanto andava na selva Louis pensava: ” Se o átomo de numero 23 era igual ao de número sete, porque Mendeleiev não pôs o mesmo nome nos dois, assim como nós fazemos quando o dia 7 passado foi chamado de segunda-feira e hoje, dia 15, tambem tem o mesmo nome de segunda-feira? Afinal, a diferença entre duas segundas-feira ( ou é duas “segunda-feiras, ou ainda, segundas-feiras?) está apenas no numero do dia no mês, assim como a diferença entre lítio e sódio deveria estar apenas no numero da massa na tabela. Êpa!… Êpa! Espera aí… – disse Louis para a árvore mais próxima – acho que estou tendo mais uma daquelas sagradas intuições que sempre acabam com uma nova descoberta e comigo tentando morder a Anastácia… A antena vibrou mais forte.

- ” Os dias da semana se repetem periódicamente devido a um ciclo repetitivo mecânico de um astro girando em torno de outro ou sôbre si mesmo. A cada sete dias a coisa se repete como numa máquina a engrenagem repete a mesma operação anterior no eterno vai-e-vem.  Por isso, a posição do astro no primeiro giro depois de sete periodos de 24 horas vai ser exatamente igual à posição do astro no giro anterior. No ciclo periódico mecânico não existe diferenciação de comportamentos em cada ponto da esteira em movimento. Quando então é que existe a mesma repetição periódica, porem, onde em cada ponto do avançar do tempo é mudado as propriedades de um corpo rolando ao sabor da História?  Quando o corpo está sob as leis de um ciclo vital! A Natureza que criou os átomos é Vida, e não uma máquina! O filho repete todos os diferentes comportamentos do pai, quando fôr bebê, criança ou adulto! Repetição Periódica!  Acabei de fazer mais uma grande descoberta! Cadê a Anastácia?…”

Todos os sistemas naturais são feitos com um unico corpo sujeito a um ciclo vital que o faz mudar de forma, e portanto de comportamentos, em seis a sete momentos principais de sua existência. Bebês se tornam crianças, estas se tornam adolescentes, êstes se tornam adultos, que se comportam muito diferente dos bebês.

Os primeiros átomos, os mais leves, gasosos, foram criados nas nebulosas de partículas que constituiam êste Universo a 13 bilhões de anos atrás. Êstes atomos foram agrupados pelo resfriamento do Universo e formaram particulas sólidas, destas formaram astros como as estrêlas. Nestas ocorrem um mundo de reações criativas e assim foram sendo criados os outros átomos mais pesados. Mas acontece que estrêlas são a forma luminosa de adultos maduros do Cosmos, penduradas nos ramos das galáxias como as laranjas amarelas são as frutas maduras penduradas nos galhos das árvores que imitam a mesma forma das galáxias porque as arvores são filhas das galáxias, e as estrêlas vieram da forma dos pulsares que são os adultos-jovens do Cosmos como as laranjas maduras vieram das laranjas verdes. Por seu lado os pulsares vieram da forma dos planetas, que são os adolescentes do Cosmos. Ora quando uma estrêla começa suas reações nucleares criadoras de novos átomos, elas começam de dentro para fora, a partir do nucleo central, onde estão as informações dela quando era uma lua-baby, depois parte para a a camada aureolar seguinte, onde estão as informações dela quando era planeta, mas aqui cria um novo grupo de átomos, com propriedades diferentes dos anteriores. Sacou? Por favor, não vá agora sair no quintal buscando seu cachorro para lhe dar uma mordida no rabo, após esta grande descoberta!

Cada nova descoberta sôbre o átomo nos levou a produzir novas  tecnologias. Algumas não muito boas, como a bomba atômica. Agora deixemos mais essa para os quimicos descobrirem como o conhecimento de que átomos são criados obedecendo a sucessão cronológica de um ciclo vital, pode ser utilizado na prática. Eu estou muito esperançoso que vai ser algo realmente bom para nós porque estamos descobrindo vida onde nem sequer imaginávamos existir e tôda tecnologia que emprega as propriedades da vida é mais adequada à nossa natureza humana.

No próximo artigo, nos encontraremos aqui com mais as novas espetaculares descobertas que estamos fazendo a cada dia graças à fórmula da Matriz/DNA. Solón…good-bye…abraços…

Abiogeneses e Bioquimica: A busca pelo Universo tunelado para a Vida. Material a Pesquisar

terça-feira, maio | 21 | 2013

Nautillus Magazine

Goodbye Copernicus, Hello Universe

http://nautil.us/issue/1/what-makes-you-so-special/goodbye-copernicus-hello-universe

- Varios importantes links no post abaixo para ler:

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Torbjörn Larsson • 17 days ago

And that’s how you frame an issue on a new site!

But moving on to the details, I differ a bit on the view of the many potential pathways that could lead from chemical evolution to biological evolution. “Selection bias”, likelihoods, would be front and center. For example, there are thermodynamic reasons why RNA could have been favored as the first genetic material, if that was what happened. ["Statistical Physics of Self-Replication", England, TBP; "Thermodynamic Basis for the Emergence of Genomes", Woo et al, PLOS Comp. Biol. 2012.]

That is where I think Spiegel and Turner fails. As I remember my problem at the time was that they had to posit different pathways on different locales in order to make the result less constrained. Eg a failure to find life on Mars would be due solely to the pathway.

But for the same reason we should expect evolution, differential reproduction, to be a universal process among life because it promotes the most successful populations by its very nature, we should expect a successful pathway to life to be dominant. The recent find of earliest, even metamorphic, BIFs of Isua @ 3.8 Ga bp as likely result of anoxygenic photosynthesis pushes life within 1 Ga from Earth formation. [ http://www.sciencedirect.com/s… ] That is early enough to find our pathway, likely alkaline hydrothermal vent biochemistry by homology with early autotroph metabolism as per Lane and Martin, easy so likely generic.

Small nitpick which do not detract from environmental theory/selection bias (aka various “Anthropic Principles”): “Without all these ducks lined up in a row, there would be no carbon.”

Not all carbon is synthesized by the resonant pathway. This even seems to have been a problem, since too easy direct three-body formation at low temperatures would have been inconsistent with astronomical observations. Luckily it is sufficiently low in production. [http://arxiv.org/pdf/1112.2136… ]

I don’t know if this alternative pathway production rate is too low to prohibit more massive element formation in all kinds of potential universes where the resonant process is suppressed or vanished.

And while I looked for the non-resonant process reference which I had misplaced, I found an article that could be of interest re the apparent selection bias in carbon production. It seems it is not too fine-tuned, the excited state could vary with a factor 3 in energy excess. [http://www.csicop.org/sb/show/… ]

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PESQUISA:

http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0012821X1200711X - (Artigo nao lido: precisa subscricao)

Biological Fe oxidation controlled deposition of banded iron formation in the ca. 3770 Ma Isua Supracrustal Belt (West Greenland) - 

Abstract

The redox balance of the Archean atmosphere–ocean system is among the most significant uncertainties in our understanding of the earliest history of Earth’s surface zone. Most workers agree that oxygen did not constitute a significant proportion of the atmosphere until after ca. 2.45 Ga, after the Great Oxidation Event, but there is less agreement on when O2 production began, and how this may have been consumed by reduced species such as Fe(II) in the oceans. The Fe redox cycle through time has been traced using banded iron formations (BIFs), and Fe isotopes are increasingly used to constrain the conditions of Earth’s paleoenvironments, including the pathways of formation of BIFs. Iron isotope analyses of BIFs from the 3.7 to 3.8 Ga Isua Supracrustal Belt (ISB), obtained by micro-sampling of magnetite-rich layers and conventional analysis, as well as by in situ femtosecond laser ablation (fs-LA-ICP-MS), indicate a consistently narrow range of non-zero δ56Fe values. Analysis of magnetite by fs-LA-ICP-MS allows for precise and accurate micron-scale analyses without the problems of orientation effects that are associated with secondary ion mass spectrometry (SIMS) analyses. Magnetite δ56Fe values range from +0.4‰ to +1.1‰ among different bands, but within individual layers magnetite grains are mostly homogeneous. Although these BIFs have been metamorphosed to amphibolite-facies, the metamorphism can neither explain the range in Fe isotope compositions across bands, nor that between hand samples. The isotopic compositions therefore reflect “primary”, low-temperature sedimentary values. The positive δ56Fe values measured from the ISB magnetites are best explained by deposition of Fe(III)-oxides produced by partial oxidation of Fe(II)-rich ocean water. A dispersion/reaction model, which accounts for rates of hydrothermal Fe(II)aq input, rates of oxidation, and rates of Fe(OH)3 settling suggests exceptionally low O2 contents, <0.001% of modern O2contents in the photic zone. Such low levels suggest an anoxygenic pathway is more likely, and the data can be well modeled by anoxygenic photosynthetic Fe(II) oxidation. Comparison of the Fe isotope data from the Isua BIFs with those from the 2.5 Ga BIFs from the Hamersley and Transvaal basins (Australia and South Africa, respectively) suggests a striking difference in Fe sources and pathways. The 2.5 Ga magnetite facies BIFs of Australia and South Africa have δ56Fe values that range from −1.2‰ to +1.2‰ over small scales, and are on average close to 0‰, which is significantly lower than those reported here from the Isua BIFs. The wide range in Fe isotope compositions for the Hamersley and Transvaal BIFs, in concert with C and O isotope data, have been interpreted to reflect bacterial dissimilatory Fe(III) reduction (DIR). The absence of low δ56Fe values in the Isua BIFs, as well as the lack of fine-scale isotopic heterogeneity, may indicate formation prior to widespread DIR.


Highlights

► Analysis by fs-laser-ablation allows for precise and accurate micron-scale analyses. ► Iron isotope analyses of BIFs from Isua indicate a narrow range of positive δ56Fe values. ► Narrow range of positive magnetite δ56Fe values reflect primary sedimentary values. ► Positive δ56Fe values best explained by anoxygenic photosynthetic Fe(II) oxidation. ► Iron in Isua BIFs has a different source and pathway than that of 2.5 Ga BIFs.

Mais duas sensacionais descobertas da Matrix/DNA: As origens do fosfato e pontes de hidrogenio do RNA e DNA !

sábado, março | 16 | 2013

Origem da Vida: Não teria sido o Sol, mas estrelas velhas e distantes que enviaram os genes de LUCA, dentro destas moléculas em meteoritos e gás interestelar? A experiência cientifica relatada neste artigo levou-nos a formular esta questão, plausível segundo as formulas da Matrix/DNA, mas ao mesmo tempo nos levou a mais duas importantíssimas descobertas: De onde a matéria burra da Terra tirou a ideia, onde buscou o mecanismo no mundo não-vivo dos primórdios e como fez aparecer aqui as pontes de fosfato e de hidrogênio que conectam moléculas do RNA e DNA!!! 

Life’s First Spark Re-Created in the Laboratory

Mais uma vitoria para Matrix/DNA !

Wired Science

http://www.wired.com/wiredscience/2009/05/ribonucleotides/

Meu comentario postado no Youtube, video com mesmo titulo:

http://www.youtube.com/watch?v=m7cUr8mx2Qs

TheMatrixDNA   1 second ago

Great! Now human beings will pay attention to models of Matrix/DNA Theory, which designed a model of astronomic system for our galaxy that predicted this result 30 years ago: the basic elements came from clouds of stars and meteorites. If you see the pictures (as The Human Cosmic Code) at Matrix website you will understand what happened in the lab. Phosphate is like the tentacles that any piece of LUCA develops for getting food, so it really came later. The secret is at photons inside atoms.

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Copia do artigo para analise:

A fundamental but elusive step in the early evolution of life on Earth has been replicated in a laboratory.

Researchers synthesized the basic ingredients of RNA, a molecule from which the simplest self-replicating structures are made. Until now, they couldn’t explain how these ingredients might have formed.

“It’s like molecular choreography, where the molecules choreograph their own behavior,” said organic chemist John Sutherland of the University of Manchester, co-author of a study in Nature Wednesday.

(Matrix/DNA: Exatamente como previu nossos modelos. Átomos ou moléculas terrestres, se invadidas pelos genes de LUCA, encontrarem-se juntas aqui, tendem automaticamente a se configurarem na mesma forma que estavam conectadas em LUCA. Assim como se tivéssemos sete fotografias de um único individuo,  misturadas e amontoadas ao caos, porem em diferentes idades, portanto diferente formas, cada fotografia se moveria para uma posição entre outras duas de maneira que no final o ciclo de vida do individuo estaria na ordem certa. Foi este o segredo da simbiose entre micro-organismos que juntaram as organelas dentro da célula e da formação da galáxia original. Moléculas possuídas pelos genes de LUCA coreografam sua dança)

RNA is now found in living cells, where it carries information between genes and protein-manufacturing cellular components. Scientists think RNA existed early in Earth’s history, providing a necessary intermediate platform between pre-biotic chemicals and DNA, its double-stranded, more-stable descendant.

(Matrix/DNA: O RNA foi uma plataforma intermediaria entre pre-bioticos químicos e o DNA, como indica nossos modelos, porque os genes de LUCA primeiro constroem a face esquerda (da função 1 ate função 4 e como o circuito continua no sentido horário, o fluxo salta para o lado direito continuando de 6 para 1. Ou pode ser 1>3 e depois 6>1, sendo que os elementos sexuais, 1,4 e 5 são intermitentes, so atuam na fase sexual ativa)

However, though researchers have been able to show how RNA’s component molecules, called ribonucleotides, could assemble into RNA, their many attempts to synthesize these ribonucleotides have failed. No matter how they combined the ingredients — a sugar, a phosphate, and one of four different nitrogenous molecules, or nucleobases  — ribonucleotides just wouldn’t form.

(Matrix/DNA: O açúcar, que esta pregado na haste dos RNA e DNA, já sabemos que representa a função 1. As quatro comuns bases nitrogenadas representam funções 2,3,6 e 7. O fosfato tem a função de ponte conectadora entre duas formas do mesmo corpo, essas pontes são representadas na formula da Matrix pelas setas do circuito esferico, são os espaços entre as partículas, que são apenas o aspecto onda da luz, que imprime o tempo do ciclo vital. Na fase evolucionaria biologica, devido os corpos-partículas representando as sete principais diferentes formas de um único corpo, existirem simultaneamente mesmo que separados, são atraídos e atraem suas formas seguintes da sequencia vital e para se conectarem biologicamente, quimicamente, estes corpos emitem tentáculos, que se tornam essas pontes. Porem, biologicamente surgiram dois tipos de pontes: as de fosfato e as de hidrogênio.

As Pontes de Fosfato: Como e porque surgiram

No céu, LUCA morria (ou ainda morre, se ainda existe) quando o circuito chegava na função 7 e se fragmentava. Essa poeira formava uma nuvem no espaço que girava rotacionalmente sobre seu próprio centro devido o movimento rotacional do todo em que se encontrava, talvez uma galáxia, ou talvez o próprio Universo. Isto criava um vórtice central e os fragmentos de LUCA, funcionando como genes, reconstruíam LUCA. Isto era auto-reciclagem dos sistemas perfeitos fechados em si mesmos. Assim LUCA, mesmo condenado a morrer pela forca degeneradora da entropia, se tornava quase-eterno. Mas o colapso interno destes genes, que começava pela periferia do sistema já na função 6, com a radiação estelar, fazia com que os primeiros genes decaidos ainda encontrassem em seu caminho na direção do centro, outros corpos existentes, na forma de planetas, e agregados a superfície destes, reiniciavam sua reprodução. Como agora a paisagem e condições ambientais eram diferentes do espaço vazio onde LUCA fora formado, houveram as mutações e ao invés dos genes reconstruírem o LUCA astronômico construíram o LUCA biológico, ou seja o sistema celular. Com essa evasão de genes a auto-reciclagem não mais funcionou e por fim LUCA pode ter morrido de fato. Os outros genes que vinham depois, ao inves de LUCA so tinham informações para construírem sistemas solares, faltando quasares, buracos negros, pulsares, cometas. O qual deve ser o caso dos sistemas solares modernos, como o nosso. Mas o elemento, a força que invisivelmente unia o LUCA morto com o novo LUCA vivo na auto-reciclagem, que era executada principalmente por cometas na função 5 , se tornou em biologia a base uracila, a única base intermitente no RNA que aparece e desaparece, como o cometa so aparece na fase de reprodução sexual do LUCA astronômico. Quando presente ela faz os ribonucleotideos, que são as unidades fundamentais de informação do RNA, e os pares horizontais de nucleotideos, que são as unidades fundamentais de informação do DNA, se multiplicarem, ou seja, ev o processo da auto-reciclagem mutado para multiplicação de nucleotídeos, o que faz a pilha deles, chamada RNA ou DNA, crescer. Mas como ligar um sistema fixo a outro sistema também fixo, quimicamente… A ponte de fosfato, que esta nas hastes. Esta ponte surge aplicando-se o mecanismo dos sistemas para criarem extensões em seus corpos, na forma de tentáculos, bracos e mãos, para agarrarem alimento ou transporte. Aqui o mecanismo foi usado no esforço do LUCA biológico de continuar sua auto-reciclagem, mutado para multiplicação linear, mas que de certa forma representa o mesmo processo de LUCA no ceur.  aos grupos em diferentes lugares e épocas por isso reconstroem pedaços de LUCA, o que formam os aminoácidos e proteínas, e os componentes separados de ribonucleotideos e nucleotídeos. Estes elementos são o açúcar, as bases guanina, timina, citosina, adenina e a intermitente uracila. Cada elemento representa uma das formas do corpo de LUCA, cada qual executando uma função sistêmica. Mas em seguida grupos de genes podem se encontrarem numa mesma sopa química e ocorre uma atracao automática entre eles no sentido de reconstruírem LUCA. Entao o grupo que consiste na base nitrogenada que representa a função 3, tendera a se conectar a direita com a base da função 2 e a esquerda com a base da função 4. Para fazer essa conexão criam de si uma extensão, um tentáculo, que quando alcanca sua base procurada, torna-se uma ponte fixa entre as duas. Já não e mais o caso de unir dois sistemas, como foi no caso da ponte de fosfato, mas sim de unir duas etapas do ciclo vital dentro de um único sistema.

A Origem das Pontes de Hidrogênio no DNA

Os genes de LUCA, caídos na superfície de um planeta, de forma dispersa no tempo e no espaço, não conseguem se reunirem todos num so ponto. Encontram-se aos grupos em diferentes lugares e épocas por isso reconstroem pedaços de LUCA, o que formam os aminoácidos e proteínas, e os componentes separados de ribonucleotideos e nucleotídeos. Estes elementos são o açúcar, as bases guanina, timina, citosina, adenina e a intermitente uracila. Cada elemento representa uma das formas do corpo de LUCA, cada qual executando uma função sistêmica. Mas em seguida grupos de genes podem se encontrarem numa mesma sopa química e ocorre uma atracao automática entre eles no sentido de reconstruírem LUCA. Entao o grupo que consiste na base nitrogenada que representa a função 3, tendera a se conectar a direita com a base da função 2 e a esquerda com a base da função 4. Para fazer essa conexão criam de si uma extensão, um tentáculo, que quando alcanca sua base procurada, torna-se uma ponte fixa entre as duas. Já não e mais o caso de unir dois sistemas, como foi no caso da ponte de fosfato, mas sim de unir duas etapas do ciclo vital dentro de um único sistema. A ponte de fosfato ev vertical, a ponte de hidrogênio ev horizontal, ela parte do açúcar na haste na posição horizontal e cria a estrutura intermediaria com o açúcar da haste lateral. As pontes de hidrogênio representam as setas entre funções na formula da Matrix.

Porque não estava se formando  os ribonucleotideos: porque em LUCA o corpo da função 1 (um quasar contendo o vórtice nuclear) liga-se num circuito esférico com a função 7 a direita e função 2 a esquerda. Quando LUCA astronômico se reproduz com a mutação para biológico, o circuito esférico continua, porem, ovalando-se e horizontalizando-se. E as ondas do tempo, que são as setas na formula, quando se horizontaliza, torna-se pontes de hidrogênio. São duas bases nitrogenadas a fase biologica

(continuar a partir daqui- não esquecer que as pontes foram os precursores quimicos das proteinas) 

 

Sutherland’s team took a different approach in what Harvard molecular biologist Jack Szostak called a “synthetic tour de force” in an accompanying commentary in Nature.

“By changing the way we mix the ingredients together, we managed to make ribonucleotides,” said Sutherland. “The chemistry works very effectively from simple precursors, and the conditions required are not distinct from what one might imagine took place on the early Earth.”

 

Like other would-be nucleotide synthesizers, Sutherland’s team included phosphate in their mix, but rather than adding it to sugars and nucleobases, they started with an array of even simpler molecules that were probably also in Earth’s primordial ooze.

They mixed the molecules in water, heated the solution, then allowed it to evaporate, leaving behind a residue of hybrid, half-sugar, half-nucleobase molecules. To this residue they again added water, heated it, allowed it evaporate, and then irradiated it.

At each stage of the cycle, the resulting molecules were more complex. At the final stage, Sutherland’s team added phosphate. “Remarkably, it transformed into the ribonucleotide!” said Sutherland.

According to Sutherland, these laboratory conditions resembled those of the life-originating “warm little pond” hypothesized by Charles Darwin if the pond “evaporated, got heated, and then it rained and the sun shone.”

Such conditions are plausible, and Szostak imagined the ongoing cycle of evaporation, heating and condensation providing “a kind of organic snow which could accumulate as a reservoir of material ready for the next step in RNA synthesis.”

Intriguingly, the precursor molecules used by Sutherland’s team have been identified in interstellar dust clouds and on meteorites.

“Ribonucleotides are simply an expression of the fundamental principles of organic chemistry,” said Sutherland. “They’re doing it unwittingly. The instructions for them to do it are inherent in the structure of the precursor materials. And if they can self-assemble so easily, perhaps they shouldn’t be viewed as complicated.”

Ciclo do Nitrogênio Desvendado Pela Matrix/DNA, tem Relação com Câncer?

quinta-feira, janeiro | 24 | 2013

E esta matéria veio de uma pesquisa em outra area : Ver Categoria Doenças – Câncer. Parece que Este ciclo tem algo com causas do cancer!

Click na Imagem:

Ciclo do Nitrogênio - Desenho deve ser refeito Adaptando-o à Matrix/DNA

Ciclo do Nitrogênio - Desenho deve ser refeito Adaptando-o à Matrix/DNA

Consertar isto que fiz por telemovel e inserí no Facebook no dia … Tenho que aumentar o tamanho aqui mesmo, E refazer tudo

Aplicando os Modêlos da Matrix/DNA para Obter Resultados Lucrativos: Scoring Functions, Computer Simulations for Drugs Search

segunda-feira, dezembro | 10 | 2012

Importantissimo novo canal aberto para a Matrix/DNA pesquisar e tentar obter resultados reais aqui e agora!

Tudo começou ao ler o seguinte debate:

detroitjames2012 1 hour ago

Creationism/ Intelligent Design is not the proof of the bible, or odin, or krisha, or anything else. It is the understanding of recognizing design when it is present. Physics allow for clay to self assemble into a statue of Einstein, but if I walk past a statue of Einstein I don’t say “there’s no proof it was intelligently designed. Physics clearly allow for it to happen on it’s own”. I don’t suspend belief in the same logic and reason that allow me to navigate reality because the topic is ID.

·in reply to icook1723(Show the comment)

icook1723 1 hour ago

Yes, and evolution computer algorithms clearly show that, “in theory” given a population of randomly replicating replicators and a non-random survival search input, you can achieve results that look like design.

I use such algorithms to generate protein-ligand models that are used as a basis of drug engineering. The program uses “randomness” to search the space of possible solutions to identify the best one. These models are subsequently validated by experimentation.

·in reply to detroitjames2012

TheMatrixDNA 1 second ago

That’s very good new information for my personal studies. Could you be more detailed, please? I know I must type yours words doing a Google search, but any direct link will save my time. If I understood it, the key of this method is the “non-random survival model”. How do you has detected the survival search model for molecules, as proteins?! By other hand, I think that Matrix/DNA model of perfect closed systems must be the survival model applied by atoms/molecules (thermodynamic equilibrium)

·in reply to icook1723(Show the comment)

detroitjames2012 48 minutes ago

Nobody is denying the existence of your computer or it’s power to process algorithms. I’m denying your claim of knowing the existence of ‘randomy replicating replicators’ without your consciousness, since randomly replicating replicators cannot randomly replicate resulting in any definable reality without an intervening consciousness to assert it. There would be merely a realm of ‘infinite everything that’s ever possible’ including the idea of randomness and replication.

·in reply to icook1723(Show the comment)

TheMatrixDNA 1 second ago

My friend! What happens when a first single cell, resulting from the fusion of spermatozoon and ovule, becomes a replicating replicator, making billions of copies, each one different from all others? What is the difference between this scene you can see here and now with the hypothetical scene calculated as abiogenesis, where the results of such replications are supposed to be randomly? But… how are you seeing a mother giraffe (previous design) applying consciousness for her ovule doing that?

icook1723 32 minutes ago

The input is a randomly generated initial population (100), a scoring function, and a mutation rate that will insert random mutations that are not present in the parents. The program then ranks generation zero, and the bottom 50 are “killed”, the top 50 are randomly mated to create 50 new solution. Novel mutants are inserted into these new solutions (3 per generation) and they are scored and ranked with the parents. Repeat this process 2500 generation, and you get clusters of possible solutions.

TheMatrixDNA 1 second ago

That’s great! Labs could save billions dollars, years time if discovers Matrix/DNA models. It is explained by an analogy. Aliens intelligence were observing an Islamic country, trying to understand the behavior, the forces driven those people as organized group. They had hard time because the matter of humans bodies are composed by atoms and cells which has different set of tendencies. Everything were finally explained when they knew about a book, Koran. The Matrix is the book driven proteins

·in reply to icook1723(Show the comment)

detroitjames2012 2 minutes ago

I don’t know how else to say it You have to zoom out. Zoom out so far that you aren’t even holding the damn camera anymore.

“Scoring functions”, “initial populations”, and the mere idea of “random” are definitions of a reality which cannot exist without a consciousness to determine the nature of such concepts.

The fact that you are creating ‘rules of the universe’ by allowing IDEAS even to exist inherently mean you are playing god by allowing your consciousness to determine definitions.

·in reply to icook1723(Show the comment)

detroitjames2012 45 minutes ago

… and if such a realm exists to hold the idea of ‘randomness’ and ‘replication’ in the absence of consciousness, it forces us to retreat to the perspective of viewing the ‘universe’ from a birds-eye view capable of understanding it in it’s entirety… what would that make us?

·in reply to icook1723(Show the comment)

TheMatrixDNA 2 seconds ago

Ok. Detroit is an observer seeing theoretically the relations between consciousness and its productions called “humans concepts”, as “randomness”, “replication”, “scoring functions”, etc. And Icook is an practical observer in a lab seeing proteins, “drugs”, etc. The debate has common denominators, they are the words: randomness, replication, initial population, etc. For Detroit the first cause is consciousness, for Icook, it is matter. Anyone could analyze the debate suggesting a solution?

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INICIANDO A PESQUISA:
Primeiro, saber o que é “scoring function”:
WIKIPEDIA:

Scoring functions for docking

In the fields of computational chemistry and molecular modellingscoring functions are fast approximate mathematical methods used to predict the strength of the non-covalent

(A noncovalent bond is a type of chemical bond, typically between macromolecules, that does not involve the sharing of pairs of electrons, but rather involves more dispersed variations of electromagnetic interactions. The noncovalent bond is the dominant type of bond between supermolecules in supermolecular chemistry.[1] Noncovalent bonds are critical in maintaining the three-dimensional structure of large molecules, such as proteins and nucleic acids, and are involved in many biological processes in which large molecules bind specifically but transiently to one another. The energy released in the formation of noncovalent bonds is on the order of 1-5 kcal per mol.[2] There are four commonly mentioned types of non-covalent interactions: hydrogen bondsionic bondsvan der Waals forces, and hydrophobic interactions.[2] The noncovalent interactions hold together the two strands of DNA in the double helix, stabilize secondary and tertiary structures of proteins, and enable enzyme-substrate binding and antibody-antigen association. Ver resto )

interaction (also referred to as binding affinity), between two molecules after they have been docked.

(In the field of molecular modelingdocking is a method which predicts the preferred orientation of one molecule to a second when bound to each other to form a stable complex.[1]Knowledge of the preferred orientation in turn may be used to predict the strength of association or binding affinity between two molecules using for example scoring functions. Ver resto)

Most commonly one of the molecules is a small organic compound such as a drug and the second is the drug’s biological target such as a protein receptor.[1] Scoring functions have also been developed to predict the strength of other types of intermolecular interactions, for example between two proteins[2] or between protein and DNA.[3]


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