Archive for novembro 12th, 2017

Origens da Vida: Teoria do RNA World

domingo, novembro 12th, 2017

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Paper: Origin of Life: Transitioning to DNA genomes in an RNA world

https://elifesciences.org/articles/32330

Abstract

The unexpected ability of an RNA polymerase ribozyme to copy RNA into DNA has ramifications for understanding how DNA genomes evolved

Matrix/DNA: ‘Ok. De repente descobriram que o RNA tem uma polymerase ribozyme que copia o RNA e como resultado aparece o DNA ! Por isso surgiu a nova teoria do RNA-world. E com isso eles creem que vao obter o entendimento de como o genoma do DNA evoluiu. Nos percebemos a 30 anos atras quando elaboramos o modelo teorico da formula, que esta pode ser dividida em duas metades, uma face esquerda e outra direita. Observando-se a formula, percebe-se que a funcao 5 que ‘e intermitente, quando emerge e atua, ja’ divide a formula nas duas faces. Se o fluxo de informacoes que vem desde F1 no sentido horario, pela face esquerda, ultrapassar F4, ele constroi F6 e continua agora em queda entropica ate completar o circuito esferico. Isto significa que a formula determina que toda estrutura material elaborada por ela tenha a face direita como uma especie de copia da esquerda. Quando comparamos a formula com um building block do DNA percebemos que as duas sao a mesma configuracao e funcionamento, o que indica que o DNA pode ser dividido pela formula entre haste esquerda e direita. E qualquer uma das faces depois da divisao tambem representa a anatomia geral do RNA. Mais tarde descobrimos que F5 e’ o phi number, responsavel pela bi-lateral simetria. Ora, replicar o DNA, abrindo o zipper, separando os nucleotideos em duas hastes com suas bases, e’ produzir bi-lateral simetria.

Entao tinhamos a forte suspeita de que o RNA tivesse surgido primeiro que o DNA, e este apenas se formou quando a molecula de RNA foi capturando bits-informacao ralacionados `a face direita. nao nos surpreendeu quando depois surgiu a teoria do RNA-world. Porem aparentemente temos dois problemas entre as duas teorias.

  1. Enquanto existia apenas RNA – Segundo a teoria da Matrix – este era incapaz de replicar-se… ou nao? Vejamos. Quando o circuito chegou a F4, ele teria diretamente formado F6 ou F5? Se formou primeiro F5, a funcao replicadora, nao vejo como esta poderia funcionar sem o circuito esferico completo, na forma do DNA. Parece-me que F4 apenas seja estimulado a produzir F5 se a entidade do Sistema estiver instavel e buscar a estabilidade termodinamica. Alem disso, sabendo-se que RNA nao possui o acucar desoribose – que e’ F1 – ele deve ser constituido apenas de F2, F3 e F4. mas como F5 e’ uracila, que e’ uma base presente apenas no RNA, ele teria o orgao reprodutor porem nao teria a carga genetica completa para produzir DNA. Para ter ela complete precisaria ter F1. Entao o RNA nao podia se auto-replica. Ora, acredito que para o projeto de criar o primeiro DNA, a partir do RNA teria que existir muitos exemplares de RNA, apenas um nao teria tempo para executar tudo. O que significa que teriamos de considerer a hipotese de que nao houve um unico primordial RNA, mas sim, que essa molecula surgiu varias vezes separadas entre si. Mas se, formado o RNA, ao inves de partir para elaborar F5. o fluxo tivesse entrado a fazer a face direita fazendo ja F6, entao a direita construiu F1, o que permitiu ao Sistema iniciar sua replicacao.

Mas sabemos que o RNA tem a capacidade de se replicar. Como ele o faz, sem F1. Parece impossivel, a nao ser que F2 tenha em si mais da metade das informacoes de F1, o que tambem nao ‘e uma ideia confortavel. Entao surge aqui uma ideia e uma pergunta aos quimicos: Onde e como o RNA se auto-replica? Porque a Matrix sugere apenas uma possibilidade: que ele atue como virus, ou seja, ele precise penetrar no nucleo da celula e utilizer a F1 do DNA para se replicar.

Esta  questao preciso consultar os quimicos ou a biologia molecular.

2. O Segundo problema e’  que no DNA, os dois fluxos de informacoes – da haste esquerda e da direita – tem sentidos e significados opostos entre si. Na primeira a energia e’ crescente, fase de desenvolvimento e construcao; na segunda a energia e’ entropica, decrescente, fase de degeneracao, auto-aniquilamento. Entao para que o RNA produzisse DNA, quando seu fluxo chegasse a F4, e ao sair dessa funcao, teria que ter em si agregada a funcao da entropia. Vinda de onde, e como? A entropia nada constroi a nao ser caos, nao iria construir F6. E se o RNA adquirisse a entropia a partir de F4, ele nunca se auto-replicaria.

Este problema nos leva a suspeitar que o RNA surgiu, originalmente, em duas formas, opostas entre si. Digamos, uma spin right e a outra, spin left. Alias, parece-me que tudo na natureza tem que surgir nestes dois pares opostos. O problema e’ que, tendo-se duas fitas de aparencias iguais, e nas duas correm um fluxo de energia de uma ponta a outra, e sendo as duas aparentemente no sentido horario, como se vai detectar que numa o fluxo vai da ponta A para a B e a outra vai de B para A? Se as 4 pontas parecem iguais, quem determina qual seja A ou B?

Olhem…, sabe de uma coisa? Para mim nao vejo vantage nenhuma em ficar titrando a poeira de cima dos registros historicos para saber quem veio primeiro ou depois. O importante e’ saber que tanto RNA como DNA estao contidos na formula da Matrix que veio do ceu. O que ela fez aqui primeiro ou depois nao me interessa a ponto de ficar quebrando a cabeca com esse enignma complicado. certo que sempre e’ util elaborar um esquema destas especulacoes, um raciocinio metodico e escrito como fiz acima, pois destes raciocinios muitas vezes surgem importantes insights para outros problemas. Como foi a cima a repentina questao ou hipotese de que o RNA primordial funcionou como virus. Mas eu vou parar esse assunto por aqui.

  • ” Ok, senhor Louis, podes parar e descansar a cabeca. Mas antes voce me permite apenas mais uma perguntinha, que nao tem a ver com RNA, DNA…?”
  • “Pois nao…”
  • ” Quem surgiu primeiro, o ovo, ou a galinha”? ( e o perguntador vai se afastando e saindo correndo…)
  • – ” Arrrrghhh…. vem aqui, moleque, ah, se eu te pego…”

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DNA: Building blocks pela Ciencia Oficial e pela Matrix/DNA

domingo, novembro 12th, 2017

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A ciencia official academica considera como building block do DNA, um nucleotideo, enquanto na Teoria da Matrix DNA o building block seriam 4 nucleotideos vizinhos ( laterais e horizontais), porque apenas assim e justamente assim se percebe a formula universal para sistemas. Abaixo o link para um paper cientifico onde essa posicao da ciencia official e’ mencionada:

https://elifesciences.org/articles/32330

” In the central dogma of molecular biology, DNA is formed of building blocks called deoxynucleoside triphosphates (dNTPs) and can be replicated (solid looping red arrow); RNA is formed of nucleoside triphosphates (NTPs). ”

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Inicio da pesquisa: Wikipedia

https://en.wikipedia.org/wiki/Nucleoside

Deoxyadenosine: Chemical formula : C10H13N5O3

Chemical structure of deoxyadenosine Space-filling model of the deoxyadenosine molecule

( cont. a pesquisa, inclusive no paper acima)

 

Formula da Matrix/DNA vista em “Lymph node”

domingo, novembro 12th, 2017

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Parece evidente a presence da formula nesta figura, onde a area Azul/purpura seria F1, as B e T cells seriam as outras funcoes… Estas glandulas pertencem ao immune system.  Muito importante pesquisar esta possibilidade porque lymphs podem se tornarem tumores e cancer. Material inicial obtido em Wikipedia.

https://en.wikipedia.org/wiki/Lymph_node

Lymph node pela Matrix/DNA formula?

Lymph node pela Matrix/DNA formula?

There are clusters of nodes under the arms, in the groin, neck and abdomen

A lymph node or lymph gland is an ovoid or kidney-shaped organ of the lymphatic system, and of the adaptive immune system, that is widely present throughout the body. They are linked by the lymphatic vessels as a part of the circulatory system. Lymph nodes are major sites of B and T lymphocytes, and other white blood cells. Lymph nodes are important for the proper functioning of the immune system, acting as filters for foreign particles and cancer cells. Lymph nodes do not have a detoxification function, which is primarily dealt with by the liver and kidneys.

In the lymphatic system the lymph node is a secondary lymphoid organ.[3] A lymph node is enclosed in a fibrous capsule and is made up of an outer cortex and an inner medulla.[3]

Lymph nodes also have clinical significance. They become inflamed or enlarged in various diseases which may range from trivial throat infections, to life-threatening cancers. The condition of the lymph nodes is very important in cancer staging, which decides the treatment to be used, and determines the prognosis. When swollen, inflamed or enlarged, lymph nodes can be hard, firm or tender ( cont. a ler)

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Outro link: ( Cont. a ler)

https://elifesciences.org/articles/25496

In the Drosophila hematopoietic organ, the lymph gland, the posterior signaling center (PSC) acts as a niche to regulate the hematopoietic response to immune stress such as wasp parasitism. This response relies on the differentiation of lamellocytes, a cryptic cell type, dedicated to pathogen encapsulation and killing. Here, we establish that Toll/NF-κB pathway activation in the PSC in response to wasp parasitism non-cell autonomously induces the lymph gland immune response.